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数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、
分析作业管理简介 分析作业依托于流程运行,需要您先创建流程,再基于流程创建分析作业。 在“项目管理”页面“作业”页签中,以列表形式展示了项目中运行的分析作业和运行状态。您可以查看分析作业名称、标签、所使用的流程名称、版本、运行状态、创建者、创建时间、完成时间和总耗时。并可对作业执
数据管理简介 盘古辅助制药平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、作业执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“复制数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
作业管理简介 在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
图15 查看聚类结果 单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 图16 查看聚类详情 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告,
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前,请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题:
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法,高效遍历柔性蛋白表面,找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以
在聚类结果页面,可以查看每个聚类的分子数量等信息。 单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。
CPI预测 CPI预测基于蛋白质的一级序列和化合物的2D结构进行靶点匹配,精确的预测化合物-蛋白相互作用。 单击“CPI预测”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件。 支持3种输入方式,分别是输入氨基酸序列、选择文件、输入PDB ID 输入FASTA格式氨基酸序列,输入框最多支持
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。
上传配体:配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规划路径,选择参考配体后系统自动计算,用户也可自主添加或删除配体对。 图1 上传文件 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“下一步”,选择配体对。 页面显
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持S
速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体(EIHealth)平台集成了Nextflow框架,支持用户直接在医疗智能体(EIHealth)平台安装Nextflow。 父主题: Nextflow
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”,进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括: 本地分子结构的3D可视化,支持多种显示样式,支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
发布中的应用可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的应用可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的应用。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的应用,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,
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