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对于执行失败的作业,鼠标点击作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打开Task详情,查看对应的processname和执行日志。
创建、获取、删除、恢复归档数据,也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。
workflow作业id name String 作业名称 status String 作业状态 template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
template1 project-02 EIHealth 347 xxx xxx 获取模板详情 health get db instance 12345 # 返回结果如下 { "id": "xxxx", "name": "job-1622803262953"
测序、表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对,得到比对后的bam文件,及对fastq和bam文件的质控报告。 Docking Summary 对一组小分子化合物配体和一组蛋白受体进行分子对接,汇总分子对接结果,用于可视化展示。 该流程主要完成的
缺省值:POCKET_DOCKING 最小长度:0 最大长度:15 reference_file 否 ReferenceLigandFile object 模板配体文件,仅引擎为SIMILAR_DOCKING时提供。 表6 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source
的基于GPU加速的对接方法,支持全局对接。 如果对接引擎选择Similar Docking,不需设置口袋信息,但需要为每一个靶点上传一个“模板配体文件”。 配置受体口袋位置,如果包含多个受体文件,需要每个受体都进行口袋设置,才能单击提交。 原始配体 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。
缺省值:POCKET_DOCKING 最小长度:0 最大长度:15 reference_file ReferenceLigandFile object 模板配体文件,仅引擎为SIMILAR_DOCKING时提供。 表7 ReceptorDrugFile 参数 参数类型 描述 source String
最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 Show-Param-Detail 否 Boolean 是否显示模板参数详情 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而
取值:logs、detail、reports 。 logs:获取job日志。 detail:获取job详情。 reports:获取job报告 。 --sortDir -d 否 排序规则,按创建时间排序,默认DESC。此参数用于获取作业列表。 取值:DESC、ASC。 --sortKey