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用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用health get workflow -s命令获取模板，详细的模板介绍和使用请参见获取流程模板。 使用health get workflow命令查询指定的流程信息。 health get workflow 550
kit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用health get app -s命令获取模板，详细的模板介绍和使用请参见获取应用模板。 使用health get app命令查询指定应用信息。 health get app 550e8400-e29
上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板，上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板，上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业，运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板 使用health get job -s命令获取启动分析作业的模板，复制并保存模板至本地，您可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。
txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时，可以不选择导入的数据文件，建立空的数据库，后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库，在导入数据，需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。
件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构，描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制，不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。 预置数据库和模板 平台内置“神农项目”药物虚拟筛选数据
health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description -d 否 流程的详细描述信息。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d 否 应用的详细描述信息。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
称，可选。不指定srcproject时，默认为当前项目。例如GATK:4.0:projectname。 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。 --summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c
txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台新建应用过程一致。模板修改好后，再使用命令行工具上传模板，创建应用。 修改模板时，需填写镜像地址，获取方法请参见获取镜像地址。镜像制作和上传方法请参见镜像管理和创建FastQC应用样例。 #
自动作业管理 获取自动作业模板列表 创建自动作业模板 删除自动作业模板 更新自动作业模板 查询自动作业模板 启动自动作业 停止自动作业 父主题： 应用管理
页，在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”，修改数据。 编辑时，主键内容不能修改，编辑的值，需要对照数据库模板值进行填写。 对于空的数据库，编辑时，只允许新增行。 图1 编辑数据 修改完成后，单击“保存”。 删除 数据库创建完成后，单击数据库名称进
数据库管理命令 创建数据库模板 获取数据库模板 删除数据库模板 导入数据库模板 创建数据库实例 获取数据库实例 删除数据库实例 引用数据库或者导入数据到指定数据库 修改数据库实例
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题： 用户指南（基因平台）
图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板：使用资产市场订阅的流程时，模板已预置，无需选择数据库模板。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或
组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入，通过质控，比对等步骤，输出针对fastq的qc报告，输出STAR比对得到的bam文件。 RNA-Seq流程由fastqc、trimmomatic、star应用构成，各应用说明如表1所示。 表1
Boolean 是否为预置实例 表4 TemplateRsp 参数 参数类型 描述 id String 模板id name String 模板名称 description String 模板描述 source_project_name String 来源项目名称 source_project_id
用间的输入输出关系，完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程，创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板 使用health get workflow -s命令获取创建流程的模板，复制模板并保存到本地，您可以保存成.yaml或txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。
health get job -s命令获取启动分析作业的模板。依据模板要求，将步骤3中获取到的NGS作业信息和workflow-id填充至模板中，修改好的配置文件示例请参见NGS配置文件示例。 请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业
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