检测到您已登录华为云国际站账号,为了您更好的体验,建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除,即可解决该问题。 父主题: 盘古辅助药物
NextflowJobReportFile objects 作业报告文件列表 表4 NextflowJobReportFile 参数 参数类型 描述 name String 报告文件名 最小长度:1 最大长度:1024 download_url String 报告文件下载地址 最小长度:1 最大长度:1024
获取当前系统配额及资源使用情况 功能介绍 获取当前系统配额及资源使用情况 URI GET /v1/{project_id}/quotas 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对等步骤,输出针对fastq的qc报告,输出STAR比对得到的bam文件。 RNA-Seq流程由fastqc、trimmomatic、star应用构成,各应用说明如表1所示。 表1
安全设置 当您需要对账号的安全信息进行设置时,可以在“安全设置”中进行操作。平台的任一用户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。
file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file file 以HTML的格式输出易于阅读的质控报告。 bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。 fq-file2
系统配额及资源使用情况获取 获取当前系统配额及资源使用情况 父主题: 系统管理
原始测序数据的质控报告,以HTML文件形式展示。 输出 BamQC Report 测序比对数据的质量控制报告,以HTML文件的形式展示。 输出 VCF 样本的突变信息,包含有SNP和INDEL信息,以VCF的格式存储。 输出 VCF Report 样本突变信息的质量控制报告,以HTML文件的形式展示。
获取EVS配额及使用情况 功能介绍 获取EVS配额及使用情况 URI GET /v1/{project_id}/system/computing-resources/evs-quota 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员账
测序、表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对,得到比对后的bam文件,及对fastq和bam文件的质控报告。 Docking Summary 对一组小分子化合物配体和一组蛋白受体进行分子对接,汇总分子对接结果,用于可视化展示。 该流程主要完成的
资源中心 在资源中心可以查看功能调用套餐包和存储套餐包的使用情况、购买记录以及购买套餐包,也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源,此功能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助
白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。同时,该研究成果以
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执行直到完成。冻结的项目可以通过“解冻”操作重新激活。 解冻:解冻项目。 转移:将项目转移给其他用户。“转移
对于执行失败的作业,鼠标点击作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打开Task详情,查看对应的processname和执行日志。
后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 您可以选择统计“近1小时”、“近3小时”、“近12小时”、“近24小时”、“近7天”、“近30天”的资源使用情况,在“周期”中设置统计周期时
中断步骤 功能点5:手动中断当前状态,进行修改或加载其他步骤状态 中断修改计划 中断修改代码 人为中断、加载任意步骤状态,可以应对多种意外情况,比如: 第n步报错了,但实际上根因错误在第m步。 特定步骤任务卡死/崩溃/意外原因阻塞,可以手动中断当前步骤,并继承状态重试。 用户想介
源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。 图2 存储资源信息
获取Nextflow作业详情 删除Nextflow作业 重试Nextflow作业 获取Nextflow作业日志 停止Nextflow作业 获取Nextflow作业报告 父主题: Nextflow接口