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流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir -o 否 输出路径。不指定时，以当前项目的根目录为工作路径。 --timeout -t 否 超时时间。运行时间超过设置时间时，认为超时，默认1440分钟，最大可设置为144000分钟。 --labels
虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果，生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象，用于可视化展示。 对配体分子进行注释，包括Dr
基于比对bam文件进行矫正。 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 图1 NGS执行步骤
子任务运行环境列表 container String 容器名称 attempt Integer 执行次数 scratch String 临时工作目录 execution_time NextflowTaskExecutionTime object task执行时间信息 resource_requested
04 使用 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir String job结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则以指定路径为准 status String 作业状态 create_time String 作业创建时间
144000]，单位分钟，默认1440 output_dir: # 可选 # workflow的当前工作目录，默认为根目录，用户可显示指定 tasks: # 必选 # 任务列表
gatk-applybqsr:4.1.9.0 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 该镜像由gatk和parallel合并而成，以提高并行运行效率，镜像制作方法
地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 修改作业yaml模板。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。 修改yaml模板时，详细的命令和参数请参见作业配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中作业管理-创建作业
流程超时时间，取值范围[1,144000]，单位分钟，默认1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录，默认为根目录，用户可显式指定;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
流程超时时间，取值范围[1,144000]，单位分钟，默认1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 流程的当前工作目录，默认为根目录，用户可显式指定;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
约束与限制 使用区域限制 医疗智能体目前支持的区域为“华北-北京四”、“华东-上海一”、华南-广州。 盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通；请就近选择靠近您业务的区域，可减少网络延迟，提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
SK(Secret Access Key)：与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。 --platform-id -i 是 平台ID，获取方法请参见获取认证信息。 --iam-endpoint -m 否 IAM终端节点名称，请在地区与终端节点中获取。 --health-endpoint
医疗智能体服务部署在华北-北京四，区域名称为cn-north-4；部署在华东-上海一，区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”，获取平台ID。
医疗智能体服务部署在华北-北京四，区域名称为cn-north-4；部署在华东-上海一，区域名称为cn-east-3。 获取平台ID 平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”，获取平台ID。
144000]，单位：分钟，默认数值1440 最小值：1 最大值：144000 output_dir 否 String 作业结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠（/）开头且不能以斜杠（/）结尾，不能包含两个以上相邻的斜杠（/），不能包含以下特殊字符：\
[1, 144000]，单位：分钟，默认数值1440 output_dir String job结果存储目录，不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录，指定则已指定路径为准; output_dir_type String 输出路径的类型 node_labels Array
平台ID，获取方法请参见获取认证信息。 --iam-endpoint -m 否 IAM终端节点名称，请在地区与终端节点中获取。 --health-endpoint -e 否 EIHealth终端节点名称，请在地区与终端节点中获取。 --swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式：
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