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--help可以替换成任何fastqc的命令，与linux类似。 步骤2：上传镜像至EIHealth平台 配置命令行工具。 若已完成配置，可跳过此步骤。 在命令行工具所在的目录，使用switch命令进入EIHelath平台的项目中。 # 命令结构 health switch project
定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件，创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 image-name 无 是 镜像名称。
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息，支持模糊查找。 --type -t
导入应用 使用import命令导入应用，当前只支持导入单个应用。 订阅和已导入的应用不支持再被导入到别的项目。 命令结构 health import app <app-name:version:source_project_name> [flags] 或 health import
在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面，选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。 单击“测试链接”验证用户名或密码无误后单击“确定”，即可完成绑定（可选项）。您也可以单击操作列的“解除绑定”来解除当前的绑定。 图1 绑定CSS资源入口
ARCHIVE_DATA_DELETE 删除归档数据。删除归档数据时给予消息提示，删除结果给予消息提示。 IMPORT_NETWORK_DATA 导入网络数据。导入网络数据时给予消息提示，导入结果给予消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示，订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT
是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数
source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据
是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址，为用户私有
切换路径 使用cd命令在EIHealth项目中切换数据路径。 命令结构 health cd <path> 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 当前目录，不进行跳转。 health cd
创建流程 使用create workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。
创建项目 使用create或submit命令创建项目，并可设置项目级数据权限策略。 命令结构 health create project <project-name> [flags] 或 health submit project <project-name> [flags] 表1
删除归档 使用delete命令删除归档数据。 命令结构 health delete archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 是 归档id。 --project
删除镜像标签 使用rmi命令删除当前项目中指定镜像标签。 对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除，即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系，即只删除数据库记录。 命令结构 health docker
删除系统标签 删除或批量删除系统标签库。 命令结构 health delete label [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 list -l 否 删除的标签id列表，json数组格式。 命令示例 health delete label -l "[\"1001\"
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。
fastqc 对测序得到的fastq数据进行质控。 trimmomatic 使用trimmomatic工具去掉测序接头，得到去接头后fastq格式的reads。 star 使用STAR比对工具将去接头后的reads比对到参考基因组，得到bam文件和多种格式的统计报告。 使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示：
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
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