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对于系统级别的管理员用户(购买平台的账户),可以在平台右上角用户名中选择“用户管理”,在“操作”列中选择“安全设置”,重置其他用户的邮箱、手机和密码信息。 单击“重置邮箱”后,可以选择清除邮箱或绑定新邮箱。 单击“重置手机号”后,可以选择清除手机号或绑定新手机号。 单击“重置密码”后,输入
F和PDB格式,复合物只支持PDB格式。 查看分子详情 图12 查看分子详情 查看作业信息 单击“作业信息”切换到作业信息页签,可以查看作业的初始数据集、靶点信息与参数信息等。 图13 作业信息 父主题: 苗头化合物发现
供的API来使用服务,支持的全部API请参见API概览。 在调用医疗智能体平台API之前,请确保已经充分了解医疗智能体平台的相关概念,详细信息请参见产品介绍和用户指南。 您可以使用本文档提供的API对EIHealth平台的资源进行相关操作。 父主题: 使用前必读
具”页签。 单击ngs“操作”列“启动作业”,在弹出的新建作业页面,填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”,设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格式以/开头。例
nextflow get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 job id,不指定job-id时,列出当前project的全部job的基本信息。 --type -t 否 查询类型,默认detail。此参数用于获取作业列表。 取值:logs、detail、reports
查看运行结果。在聚类结果页面,可以查看每个聚类的公共子结构、公共子结构原子数、分子数量等信息。 可以单击“下载”,下载聚类分析结果信息。下载结果以Excel格式输出,包含小分子基本信息和属性信息。 图2 查看结果 单击操作列的“查看详情”,可查看聚类详细信息。 聚类详情页支持以卡片、列表的形式查看,默认展示卡片页面,用户可自行切换。
-variantqc应用构成。在创建应用前,请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20
详细的运行信息。包括状态、标签、描述、创建时间、完成时间、总耗时等。 对于执行失败的作业,鼠标点击作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息
的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。
进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现了“神农项目”中8500多种药物的注释信息。包含了药物在DrugBank数据库中的ID、药物通用名称、
在作业列表中,单击对应的作业名称,可查看作业运行状态,运行时间等信息。 图13 作业运行状态 单击具体的每个应用,可以查看每个应用的运行信息:输入输出,节点参数,应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径,可以跳转至输出文件位置。
作业运行成功后,可以看到每个应用的运行信息:输入输出,节点参数,应用以及日志等信息,最多可以显示5000条日志。 单击具体的输出参数可跳转到具体的文件位置。 图2 获取作业结果 同时,项目支持导出作业的元数据信息,包括以下内容。 作业的基本配置信息,以yaml文件导出,包含作业名称,
流程统计管理 获取性能加速资源上统计信息 统计应用、流程、作业数目 统计全局流程、作业信息 父主题: 应用管理
购买计算资源 查询计算资源 删除计算资源 获取节点剩余配额 查询计算资源规格 关闭计算资源 重启计算资源 启动计算资源 修改计算资源调度信息 查询计算资源调度信息 查询bms计算资源显卡id列表 获取EVS配额及使用情况 父主题: 系统管理
获取作业列表 启动作业 获取作业详情 删除作业 更新作业 获取作业事件 获取作业日志 获取子任务启动事件 获取子任务实例信息 获取子任务中实例的事件 获取子任务中实例的pod信息 获取子任务中实例的资源监控数据 重试作业 取消或强制停止作业调度 批量取消作业 批量重试作业 批量删除作业 父主题:
job命令获取该项目下所有的作业信息。 查询NGS作业对应的job-id,使用health get job job-id命令获取NGS作业的信息。使用health get workflow命令查询NGS作业对应的workflow-id。获取到的作业信息如图1所示。 图1 NGS作业信息 health
载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用,并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义,流程至少由一个应用组成。 您可
确定”,小分子支持SDF和PDB格式,复合物只支持PDB格式。 查看分子详情 查看作业信息 单击“作业信息”切换到作业信息页签,可以查看作业的分子信息、靶点信息与优化信息等。 图15 作业信息 聚类分析 目前分子优化返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式
QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 查看作业信息 点击作业的“作业信息”页面可以查看作业的运行时间和配置参数。 图14 查看作业信息 聚类分析 目前分子对接返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的 辅助方式能更好
notebook命令 创建notebook 获取notebook信息 删除notebook 编辑notebook 启动notebook 停止notebook