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购买资源 盘古辅助制药平台购买完成后,单击“进入平台”,在平台右上角单击用户名,选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。
镜像发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的镜像。 已发布的镜像不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的镜像可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的镜像可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的镜像。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选
(可选)新建文件夹 单击项目名称,并选择“数据”。 图1 数据管理 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。 单个斜杠(/)表示分隔并创建多层级的文件夹。 单个文件夹名称不能包含以下字符: \ / : ; * ? < " > |。
在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 填写必填信息。必填信息包括“用户名”、“角色”、“密码”。 “角色”分为管理员和操作员。权限区别请参见表 用户权限。 图2 必填信息 选填信息。选填信息包括“邮箱”、“国际电话区号”、“手机号码”、“用户资源配额”。 图3
作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态、类型、标签、创建时间和完成时间进行快速搜索。也可以根据创建时间顺序、总时间顺序、总时长顺序、完成时间顺序等进行排序。 图1 作业中心 父主题: 作业管理
生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上,通过基本原理,构筑起一套模型和算法,从而计算出合理的分子结构
生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为,进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上,通过基本原理,构筑起一套模型和算法,从而计算出合理的分子结构
1G;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使
、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作(默认)和仅写操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位
单击可以按照属性以及相互作用力进行高级筛选。 图6 高级筛选 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比,可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图8 设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图
单击Docking Summary“操作”列“启动作业”,在弹出的新建作业页面,填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”,设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格式以/开头。例如项
(可选)新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”,创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则: 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。 单个斜杠(/)表示分隔并创建多层级的文件夹。 单个文件夹名称不能包含以下字符: \ / : ; * ? < " > |。
返回结果 请求发送以后,您会收到响应,包含:状态码、响应消息头和响应消息体。 状态码 状态码是一组从1xx到5xx的数字代码,状态码表示了请求响应的状态,完整的状态码列表请参见状态码。 对于获取用户Token接口,如果调用后返回状态码为“201”,则表示请求成功。 响应消息头 对
若您本地有需要分析的二代基因组数据,则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有,可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析,这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3 订阅数据 可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图4 查看订阅的数据 步骤3:启动作业 在流程页面
件来源包括数据中心和示例数据。 手动输入:输入小分子SMILES表达式。最多支持输入1000行,每行最多输入1024个字符,SMILES不支持输入空格或者中文。 。 作业名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。
安全设置 当您需要对账号的安全信息进行设置时,可以在“安全设置”中进行操作。平台的任一用户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。
EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访
发效率提升60%+。平台提供靶点发现,苗头化合物发现,先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速,大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。全平台无需软硬件安装调试成本,开箱即用,随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务,将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。