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搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
作业运行后,页面将跳转至“项目管理 > 作业”页面。您可以在该页面,查看作业的执行状态。单击作业名称即可进入作业详情页,查看运行进展和执行结果。 图2 作业详情 单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用,单击输入输出参数的路径,即可跳转至数据管理页面,查看相应数
mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。 图1 NGS流程镜像 使用命令行工具,使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。
容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)是一种支持镜像全生命周期管理的服务,提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能,帮助您快速部署容器化服务。 医疗智能体使用SWR存储工具镜像,包括内置工具及自定义工具的存储。
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
并在该配置文件基础上进行修改,得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建,并执行成功,然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建,进而获取
上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的
the limit number 联系运维人员。 500 eihealth.03009999 internal error 联系运维人员。 500 eihealth.03010031 Algorithm service error. 联系运维人员。 404 eihealth.03001001
re Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表优化后小分子的综合打分。 Similarity:代表优化后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。
系统设置 用户管理 资源中心 标签管理 个人设置 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
ore Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表生成小分子的综合打分 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。 图10 查看结果(2) 分子生成结果支持以3D视图的形式进行查看
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一
8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置:输入管理员密码,公网访问选择“自动绑定”,单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步:高级配置”,在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。
similarity 靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度,计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。 score 优化后小分子的综合打分。 Vina Score1 分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top1分数。
配置完成后,单击“提交”。 提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 查看多对多运行结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看结果(1) 查看一对多运行结果。 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条CPI预测结果。
padding 口袋位置放大多少尺寸。 配置成功后,单击“提交”。 查看分子对接结果。 如果是多受体对多配体,打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵,支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看输出结果(1) 单击受体结合能框,跳转到单受体对多配体的结果表页面,可以下载全量及单条对接结果。