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&& make install 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 . 制作gatk-haplotypecaller镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1
模型推理参数，预留参数接口，给需要调用的自部署模型用 # 请注意：您调用的第三方大模型API服务，其数据传输及处理可能涉及第三方服务器。本应用及平台不对第三方服务的内容、准确性、完整性及安全性承担任何责任。 # 请勿在使用过程中输入敏感、个人隐私或机密信息。使用本
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地，此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中，受网络影响可能出现损坏，下载命令默认会在下载完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health download
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health
submit命令引用本地的配置文件，启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 是 本地的作业模板路
workflow ID [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 流程id。 --workflow -w 否 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。 --description -d 否 workflow的详细描述信息。 --labels
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
获取作业模板 使用health get job -s命令获取启动分析作业的模板，复制并保存模板至本地，您可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台启动作业过程一致。模板修改好后，再使用命令行工具上传模板，启动分析作业。
<job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
下载数据操作会产生流量费用，计费方式为按需计费，计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据中心”页面下载数据至本地。 在“数据中心”页面，下载数据至本地。 选择待下载的数据，单击“操作”列“下载”即可。 或者单击“操作”列“下载为”，然后单击鼠标右键，选择“链接另存为”，下载数据。
模板名称，带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板名称。 --description -d 否 描述，带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板描述。 --yaml -y 是 本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eih
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录，请使用cd命令切换路径。例如，切换至D盘： cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时，您需要在本地搭建Linux环境，并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录，可以使用./health命令使用命令行工具。
其中vendor-config可简写为vc 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 供应商名称。 --logo -l 是 供应商图标本地路径。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。
请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时，流程中的每一个应用称之为一个任务（Task），通过循环读取Task的输入数据，可以实现作业的批量执行。 例如，您可以在本地创建.bat格式的批处理文件，执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。
参数--log的优先级高于--file。如果命令中同时包含参数--log和--file，默认只执行--log。 --file -f 否 本地文件夹路径及自定义文件名称，下载详细数据作业执行日志到本地，需要与data-job-id一起使用。 --finish-from-time -x 否 查询提供时间之后的所有任务。例如，2006-01-02
若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。 查看镜像是否pull成功。 用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像，防止查询出全部镜像，可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc
ct为源项目名称，可选。不指定srcproject时，默认为当前项目。例如ngs:1.0:srcproject。 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。 --summary -s 否 流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir
”、“\t”，除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例，分隔符为制表符，创建数据库时，分隔符填写为“\t”，有效数据从第2行开始，跳过文件行数填写为1。 在本地编写.csv、.txt、.vcf文件时，文件编码格式使用UTF-8。 为保证查询性能，建议数据库行数小于500万行，若超过该量级，建议拆分数据库。
导入的模板，可以在“导入模板名称”中修改模板名称，单击“确定”。 图1 从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板，您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用，数据库模板支持yaml或yml格式，且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”，单击“下载示例文件”下
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