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创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo
fasta格式文件，最多上传1个文件，文件中最多支持100条氨基酸序列，每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 pdb格式文件，最多上传100个靶点文件，如果上传多聚体靶点，仅解析第一条链，每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID，最多输入100个PDB
最大长度：512 数组长度：10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件，分子表达式列表和分子文件二选一，分子文件优先级最高。 binding_sites 否 Array of BindSiteDto objects 靶点列表。 数组长度：0
命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式，建议您使用第一种，通过获取已经执行成功的NGS配置文件，并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台
删除单个对象时生成结果清单文件。 --versionId -V 否 待删除对象的版本号。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹，命令执行完成后，会在该文件夹下生成结果清单文件（可能包含成功结果和失败结果两个文件），默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。
使用流程 初始化数据盘 什么是ECS 创建容器应用基本流程 05 实践 基于EIHealth平台，搭建NGS流程，流程以fastq格式数据作为输入，对碱基的质量信息进行评估，判断可靠程度，通过质控、比对、变异检测等步骤，最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 基于二代测序的基因突变检测
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CIF，仅数据源为RAW时提供。
模板名称，带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板名称。 --description -d 否 描述，带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板描述。 --yaml -y 是 本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以
是否必选 参数类型 描述 file 否 File 文件流对象 part_number 否 Integer 分段序号，表示第几个文件片段 最小值：1 最大值：128 缺省值：1 total_part 否 Integer 分段总数，上传的文件总共分成了几个片段 最小值：1 最大值：128
从其他项目导入模板 平台也提供了yaml格式的数据库模板，您可以在本地编辑完成后上传至平台进行使用，数据库模板支持yaml或yml格式，且文件大小不能超过10M。 导入方式选择“上传”，单击“下载示例文件”下载数据库模板示例，编辑后上传模板文件至平台，单击“确定”。 图2 上传模板 模板示例如下：
下载链接的内容可以是zip、tar.gz文件、二进制文件，如果是压缩文件，文件夹内的obsutil必须命名为obsutil（和obsutil官方链接保持一致）。 --force -f 否 强制操作。如果下载obsutil时，指定的obs-install-path上已经有同名文件，不带-f时会提示用户，带上-f会直接覆盖原文件。
设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标，设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据，可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数确认无
在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子：可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。 选择算法：可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanim
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录，请使用cd命令切换路径。例如，切换至D盘：
本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。例如，放到C盘Users文件夹中。 图1 下载命令行工具 使用键盘win键+R，输入cmd，并单击“确定”打开windows的cmd窗口。
> 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”，获取输出结果的路径。 文件的命名方式为：蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能，但由于网页传输大文件时存在一定的限制，所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中，这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员，请参考用户指南中的项目成员和权限。
下载链接的内容可以是zip、tar.gz文件、二进制文件，如果是压缩文件，文件夹内的obsutil必须命名为obsutil（和obsutil官方链接保持一致）。 --force -f 否 强制操作。如果下载obsutil时，指定的obs-install-path上已经有同名文件，不带-f时会提示用户，带上-f会直接覆盖原文件。
参数--log的优先级高于--file。如果命令中同时包含参数--log和--file，默认只执行--log。 --file -f 否 本地文件夹路径及自定义文件名称，下载详细数据作业执行日志到本地，需要与data-job-id一起使用。 --finish-from-time -x 否 查询提供时间之后的所有任务。例如，2006-01-02
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