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•克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 可通过在“系统资源 > 计算资源”页面将计算节点的标签设置为copy-in,实现作业运行于指定的计算节点中。对于“不可调度”状态的计算节点,将无法在此节点运行作业。
项目名称,不填时默认为当前所在项目。 --description -d 否 项目描述。 只有项目所有者和管理员能修改。 --tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 只有项目所有者和管理员能修改。 --policy -p 否 设置项目级数据权限策略。只有项目所有者能修改。
单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行分子生成,需要进行配置。最多可添加2个靶点。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。 通过“靶点设置”上传靶点,并且设置对接口袋。 此处靶点设置为可选参数
导出作业 使用export命令导出作业信息。 导出的作业信息会以zip文件格式保存到当前目录,zip文件中包含以下两个文件: jobDetails.zip:保存job的yaml文件 jobInfo.csv:保存job信息 命令结构 # 使用job-id导出作业 health export
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“genomeagent”镜像。 CPU 设置CPU为4.0核。 GPU 设置GPU为0。 内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels
开发者需求。 产品功能 eihealth-toolkit提供了以下功能: 系统设置 您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表,查询和修改消息及完成作业保留配置,也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、更新、删除
# 列是否作为主键,必填,若有多个列设为true,则多个列组成复合主键 searchable: true # 列是否可查询,必填 tips: uuid #
Notebook的简要描述。 镜像类型 选择自定义镜像。 工作环境 选择已上传的自定义镜像。 CPU 设置CPU大小。 GPU 设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
gromos54a7力场,默认是amber99sb。 水模型:水模型支持spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p类型,默认是tip3p。 离子种类:支持NaCl、MgCl2、None几种类型。若平衡电荷设置为True,则不支持离子种类选择None。 离子浓度:离子浓度支持范围是0<离子浓度≤5mol/L,默认是0
是否必选 说明 project-name 无 是 项目名称。 --description -d 否 项目描述。 -tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 --policy -p 否 设置项目级数据权限策略。 用数字0和1表示关闭和打开,以data-share、d
日志路径,不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。 路径设置格式: Windows系统为“路径\文件名”。 Linux系统格式为“路径/文件名”。 --http-proxy -p 否 HTTP代理配置,格式为“http://username:password@your-proxy:your-port”。
配置受体口袋位置,如果包含多个受体文件,需要每个受体都进行口袋设置,才能单击提交。 原始配体 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果受体口袋位置未知,可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接
性计算、块存储、对象存储、VPC网络、弹性公网IP、镜像等公共服务。Region分为通用Region和专属Region,通用Region指面向公共租户提供通用云服务的Region;专属Region指只承载同一类业务或只面向特定租户提供业务服务的专用Region。 可用区(AZ,Availability
--obs-endpoint -o 是 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1
APP NOTEBOOK chip_type 否 String 镜像芯片类型。枚举值:X86、ARM 枚举值: X86 ARM 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 镜像id 请求示例 创建镜像,设置描述、名称、版本、类型、芯片类型
xxx,则可以确认为作业超时失败。 解决方法 根据实际业务需要,在“创建作业”阶段,设置合适的超时时间,默认设置的超时时间为24小时(1440分钟),最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 图1 作业设置 场景2 作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。