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使用NGS的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅流程 步骤2:上传待分析数据 步骤3:创建分析作业 步骤4:查看执行结果 步骤1:订阅流程 使用NGS流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“Variant Calling Based On NGS”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。
下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID 项目ID通过调用查询指定条件下的项目信息API获取。 获取项目ID的接口为GET“https://{Endpoint}/
project_num Integer 项目总数 charge_mode Integer 计费模式 is_arrears Boolean 是否欠费 请求示例 查询医疗平台信息 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/overview
理员”。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。 图2 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下细粒度权限,若该用户加入的其他IAM用户组有对
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能? 如何将Notebook中的数据下载至本地? 如何在Notebook中安装外部库?
Summary的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅流程 步骤2:上传待分析数据 步骤3:创建分析作业 步骤4:查看执行结果 步骤1:订阅流程 使用Docking Summary流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“Docking Summary”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。
消息状态是否已读,true返回已读,false返回未读,不填返回全部 limit 否 Integer 查询条数 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 查询偏移量 最小值:0 最大值:100000000 缺省值:0 请求参数 表3 请求Header参数
餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。 图2 存储资源信息 购买功能调用套餐包 在“资源中心>功能调用”页面,购买功能调用套餐包。
源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。 图3 查看导入用户 医疗平台用户会在IAM中赋予以下细粒度权限,若该用户加入的其他IAM用户组有对
PROJECT_IMAGE total Integer 配额 unit String 配额项单位 usage Integer 配额使用量 请求示例 查询配额列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/quotas
count_after_scale Integer 伸缩后节点数 state String 执行状态 time String 执行时间 请求示例 查询伸缩历史 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/sy
镜像 如何搭建Docker环境? 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传?
最大长度:64 name String 规格名称 最大长度:64 ram Long 内存 vcpus String vcpus 请求示例 查询扩容策略详情 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/
labelA - labelB image: 'gwj-test-01/busybox:latest' # docker镜像地址取值范围[1-255],不能包含中文字符,格式为{project-name}/{image-repo}:{image-tag} commands:
数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作
参数类型 描述 time String 事件产生时间 name String 事件名称 event_type String 事件类型 请求示例 查询伸缩事件列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置? 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
&& ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install 按Esc键,并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health
最大长度:128 limit 否 Integer 查询条数 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 message_type 否 String 消息类型 最小长度:1 最大长度:128 offset 否 Integer 查询偏移量 最小值:0 最大值:100000000 缺省值:0