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分子搜索(MS) 新建分子搜索任务接口 查询分子搜索任务 父主题: API(AI辅助药物设计)
CSS常见问题 如果子用户看不到“CSS资源列表”,需要授权子用户CSS权限。 如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
邮箱设置 设置消息发送邮箱 通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:
准备工作 购买服务 购买资源 购买CSS资源 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
功能模块 靶点发现 苗头化合物发现 先导化合物优化 通用工具 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
收藏夹 收藏夹用于收藏用户的任务结果,通过单击相应的作业名称跳转到作业详情页面,可以收藏大小分子,并在收藏夹中查看。收藏夹内分为小分子和大分子,小分子通常为低分子量的化合物,如蛋白质配体;大分子多为蛋白质靶点。 小分子涉及分子对接、分子优化、靶点口袋分子设计、CPI、分子生成、分子搜索
登录医疗智能体平台,进入镜像所在的项目。 在页面上方单击“镜像”,进入镜像管理页面。 单击镜像名称,进入镜像详情页。在该页面查看“源项目”、“镜像名称”、“镜像版本”,按照以下规则拼接出应用配置模板中的image参数。
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。
获取数据归档列表 使用get命令获取数据归档列表。 命令结构 health get archive-config # 命令中的archive-config可替换为backup-config 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux
数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
方式2:使用预置应用搭建NGS流程 将EIHealth平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用
绑定CSS集群 功能介绍 绑定CSS集群。 URI POST /v1/{project_id}/drug/css-clusters 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度
受体预处理 功能介绍 受体预处理,用于前端显示预处理后的受体。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/preprocess 表1 路径参数 参数
聚类分析作业管理 创建聚类分析作业 查询聚类分析作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
自定义属性任务(MCP) 新建自定义属性任务接口 查询自定义属性任务 父主题: API(AI辅助药物设计)
制作Docker镜像 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC
创建Notebook 在开始进行模型开发前,您需要创建Notebook,并打开Notebook进行编码。 在“项目管理 > 开发”页面,单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称
Notebook常用操作 打开Notebook 首次打开Notebook之前,请先获取url,然后访问url。 然后单击“高级 > 继续前往xxxx(不安全)”,页面显示“403 : Forbidden”,然后返回Notebook列表页面。 请不要使用无痕浏览器访问。 返回平台操作界面