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Insert Size Estimation 针对构建Index后的bam文件,统计测序数据的Insert size的分布。
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。
登录盘古辅助制药平台。 单击“进入平台”,进入药物平台操作页面。 单击“功能模块 > 苗头化合物发现 > 分子对接模块”,进入分子对接配置页面。 根据分子对接章节完成参数配置。 分子对接任务完成后,单击“作业中心 > 作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。
图1 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图2 执行命令 父主题: Notebook
附录 状态码 错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) 错误码(AI辅助药物设计) 获取项目ID 配置OBS访问权限
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。
计费 平台计费方式 保留期与欠费 话单延迟导致欠费 不同类型的归档,费用分别是多少
图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs | 8GB”,不支持“4 vCPUs | 8GB”。 节点存储:建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。
对于本项目的私有镜像tag会做彻底删除,即删除数据库记录及远程仓库中的镜像tag。 对于其他项目的导入镜像tag或者资产市场订阅的镜像tag仅删除导入或者订阅关系,即只删除数据库记录。
选择数据库:最多可选择10个数据库。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 输出个数:输出个数越多,任务时间越长。 作业名称:设置作业名称。
性能加速(可选) 当普通的计算资源不满足业务场景时,可以选择购买性能加速资源,加快算法的数据分析速度。 单击“购买性能加速”。选择包年包月或者按需,同时选择购买的性能盘大小。 图1 购买性能加速 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
创建项目 使用create或submit命令创建项目,并可设置项目级数据权限策略。
可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题: 通用工具
存储资源 存储资源的计费模式是按需或者购买套餐包的形式, 按需计费可根据数据量的大小收费,故不需要提前进行购买 套餐包需提前购买,当存储用量超过套餐包规格时,超出部分将自动按量按需计费 图1 存储资源 图2 存储套餐包 图3 购买存储套餐包 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
--policy -p 否 设置项目级数据权限策略。只有项目所有者能修改。
新建自定义属性任务接口 功能介绍 输入自定义属性的任务数据,创建自定义属性建模任务。
管理员(购买平台的账户)登录时,user-name和domain-name一致。 --password -w 是 密码。 --ak -a 是 AK(Access Key ID):访问密钥ID。