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数据导入 使用import命令引用数据到当前所在项目或者导入网上数据。 命令结构 health import data <src-dir> <dest-dir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 src-dir 无 是 源路径,支持四种格式,分别是医疗项目
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板灵活的定义数据结构
https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/backups { "name" : "归档2021", "sub_paths
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 quote_project_id 是 String 引入项目ID 最小长度:1 最大长度:128 sub_paths 是 Array of strings 引入路径集 最小长度:0 最大长度
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 overwrite 否 Boolean 执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true sub_paths 是 Array of strings 复制的路径集
3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 overwrite 否 Boolean 执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true source_project_id 是 String 源项目ID 最小长度:1 最大长度:128 sub_paths
创建归档 使用create命令创建数据归档。 命令结构 health create archive <archive-name> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-name 无 是 归档名称。
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基于基因组分析结果
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 spec_code 是 String 规格编码 最小长度:1 最大长度:128 disk_space 否 Integer 磁盘存储空间,该字段暂不生效 最小值:40 最大值:1000 disk_encrypt
--event -e 否 该参数用于获取任务实例事件列表。不带该参数,默认输出任务实例详情(默认json格式)。 --file-path -p 否 获取任务实例详情时,设置任务实例详情下载路径。
DatabaseDiskDto object 数据库磁盘信息 charge_mode String 计费模式 period_num Integer 购买周期 create_time String 购买时间,UTC时间 failure_reason String 失败原因 status
--disableDirObject -D 否 上传文件夹时候,文件夹本身不会作为一个对象上传,在有很多空文件夹场景时候可以避免无用文件夹上传到对象存储桶中;文件夹下有文件时候,文件夹下文件依然会上传并保持原有路径格式,不受影响。
使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像,利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索,训练,评估,预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅镜像 步骤2:创建Notebook
objects 规格列表 表4 DatabaseFlavorRsp 参数 参数类型 描述 code String 规格编号 name String 规格名称 cpu Integer 核数 ram Integer 内存 max_connections Integer 最大连接数 disk_space
作业依赖的组件名称 tool_version String 作业依赖的组件版本 tool_type String 作业依赖的组件类型,取值范围app|workflow 表5 TaskDefinitionDto 参数 参数类型 描述 task_name String 子任务实际名称 display_name
数据控制与数据审计 数据保护策略 项目内的数据支持精细化的权限控制,可对数据分享、下载、删除进行设置。您可以在项目的“设置”页面设置数据权限。数据权限仅可以有项目所有者设置。 分享:关闭分享后,项目内数据不允许分享给其他项目,包括拷贝、引用两种方式。 下载:关闭下载后,项目内数据不允许下载至本地
下载数据 使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
下载数据 在EIHealth平台下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 在EIHealth平台“项目 > 数据”页面,展开数据文件夹,选择待下载的数据
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目
发布数据 您可以将数据发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。