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项目成员和权限 盘古辅助制药平台以项目为粒度对数据、作业进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。
描述:参数描述,此参数为非必填项。 操作:可以单击操作列“删除”,删除对应的参数。 图2 配置流程参数 参数配置完成后,单击“保存”。 流程创建成功后,单击“保存并启动作业”,或者在流程管理页面,单击流程列表操作列的“启动作业”进入作业设置页面,配置作业的相关信息,具体可参考新建作业。
填写套餐包的信息。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包、归档存储包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。归档存储适合档案数据、医疗影像场景。详细可参考存储类别。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。
配体列表可显示总条数,但最多展示1000个小分子,对接时使用全量小分子。配体来源包含:数据中心、示例数据、公共库。且公共库预置了分子数据库,包含了陶术数据库、DrugSpaceX数据库、DrugBank数据库可以进行使用,单击“公共库”,可以进行选择。 图2 选择配体文件 单击“下一步”,在对接设置页面配置相关参数。
Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。 Insert Size Estimation 针对构建Index后的bam文件,统计测序数据的Insert size的分布。
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过850
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 登录华为云管理控制台,鼠标指向页面右上角的用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。
ID/Secret Access Key)即访问密钥,包含访问密钥ID(AK)和秘密访问密钥(SK)两部分,华为云通过AK识别用户的身份,通过SK对请求数据进行签名验证,用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 您在使用命令行工具时,需要使用AK/SK进行身份验证。 操作步骤 登录华
在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。 父主题: 盘古辅助制药平台
连。 图7 gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮,保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
算器。 盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需计费,计费详情请参考OBS流量费用中“公网流出流量 / 00:00-08:00(闲时)”和“公网流出流量 /
是否必选 说明 retention-name 无 是 名称,支持message或者completed-jobs。 --number -n 否 保存条数,范围:10000-10000000。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和
表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20.1 docker pull biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping
--description -d 否 作业的详细描述信息。 --input -i 否 输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 作业运行时,每个应用称之为一个task,应用可以设置多个输入参数,一个输入参数可以设置多个输入值。
最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 job_retain_number Integer 作业保存条数 请求示例 获取作业清理配置 /v1/{project_id}/system/job-config 响应示例 状态码: 200 OK {
#列出当前project的job的基本信息 #表示取3条数据,也就是取1-3 条数据 health get job -o 10 同 health get job -l 100 -o 10 #列出当前project的job的基本信息 #表示取100条数据,也就是取11-110 100 条数据 health get
another project. 检查引用数据库id是否为源项目的引用数据库。 400 eihealth.01040022 Data cannot be imported to a referenced database. 请选择非引用数据库进行数据导入。 400 eihealth.01040023
、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于“项目管理”页面“工具”页签中。在该页签中,以列表形式展示了项目中的流
或者单击右上角“更多”,进入购买存储套餐包页面进行购买。 表1 参数说明 参数 说明 资源包类型 支持标准存储单AZ包。 标准存储单AZ包适合数据分享、内容分享、热点对象应用场景。 规格 套餐包支持的购买规格。 购买数量 购买套餐包的数量。取值范围:1-50。 购买时长 购买套餐包的时长。最短为一个月,最长为一年。