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制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成DockerFile,使用Docker
-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下,需添加
USER 为容器的运行及RUN、CMD、ENTRYPOINT等指令的运行指定用户或UID。 ONBUILD 触发器指令。构建镜像时,Docker的镜像构建器会将所有的ONBUILD指令指定的命令保存到镜像的元数据中,这些命令在当前镜像的构建过程中并不会执行。只有新的镜像使用FROM
运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。
【可选】根据网络情况,配置基础镜像中的PyPi Mirror,对下载进行加速。基础镜像中的PyPi Mirror,默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令,查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror,可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi
ux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一
标签。 计算节点标签添加方法:在平台右上角单击用户名,选择“系统资源 > 计算资源”,在计算节点的操作列单击“更多 > 标签管理”,添加标签。上图示例中需要添加的标签名称为labelsss1。 使用本地已填写好的作业模板job.yaml运行分析作业。 health create job
Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取:可以选择版本,目前支持选择的安装包版本v22
使用edit或update命令修改应用的内容,应用的名称和版本不支持修改。 命令结构 health edit app ID [flags] # edit和update作用相同 health update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选: 应用的ID(
优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节
导入应用”的方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker
Token的有效期为24小时,需要使用同一个Token鉴权时,可以缓存起来,避免频繁调用。 Token在计算机系统中代表令牌(临时)的意思,拥有Token就代表拥有某种权限。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限。 u
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消
账号并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64
存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。 表1 参数说明 参数 说明
与其他云服务的关系 统一身份认证服务(IAM) 统一身份认证(Identity and Access Management,简称IAM)是华为云提供权限管理的基础服务,可以帮助您安全地控制华为云服务和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务(OBS) 对象存储服务(Object
项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用户的访问权限。项目角色为项目粒度权限控制,同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。 父主题: 项目管理
账号并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 步骤2:安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例,介绍安装命令行工具的方法。 下载W