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支持标记为已读和批量标记为已读 如果需批量标记已读，可以勾选多个未读的消息，单击“标记已读”。 图3 批量标记已读 支持删除和批量删除 如果删除单个消息，可以单击消息后面的进行删除。 图4 删除单个消息 如果批量删除消息，可以勾选多个消息后，单击“批量删除”。 图5 批量删除消息 表1
设置用户邮件配置 邮箱连通性测试 获取消息邮件配置 设置消息邮件配置 删除消息邮件配置 获取消息清理规则 设置消息清理规则 获取通知消息列表 批量删除通知消息 批量更新消息 父主题： 系统管理
重命名，下载文件时可选。 --recursive -r 否 按指定的对象名前缀批量下载，批量下载时必选。 --force -f 否 强制操作，不进行询问提示，批量下载时可选。 --flat -l 否 批量下载时，不包含上一级父对象名前缀，批量下载时可选。 --update -u 否 增量下载操作，设
标签删除后不可恢复，请谨慎操作。 在“标签管理”页面，单击操作列的“删除”。 在“删除标签”弹窗中，单击“确定”。 批量删除标签 您可以一次选中多个标签，单击页面左上角的删除按钮即可。 图2 批量删除标签 查找标签 在搜索框中输入标签名称关键字，单击按钮进行查找。 图3 查找标签 父主题： 系统设置
步骤2：获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
标签管理 获取标签列表 创建标签 删除标签 批量删除标签 父主题： 系统管理
资源监控数据获取 获取资源监控数据 批量获取资源统计数据 父主题： 系统管理
配置命令行工具 步骤1：获取认证信息 步骤2：获取命令行工具 步骤3：初始化配置
镜像管理 发布镜像 导入镜像 订阅镜像 更新镜像描述信息或者类型 删除镜像仓库 批量删除镜像tag 删除指定镜像tag 获取镜像列表 创建镜像 获取docker login指令 获取指定镜像的tag列表 父主题： 项目管理
项目审计管理 创建项目 获取项目列表 更新项目 删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题： 项目管理
数据管理 创建文件夹 查询数据列表 获取桶存量信息 复制项目数据 导入项目数据 导入网上数据 引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题： 数据管理
发布应用 您可以将创建的应用发布到资产市场，供其他项目订阅和使用。 发布资产前，需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“应用”。 选择需要发布的应用，单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面，填写发布应用的相关信息。 表1 发布应用参数说明 参数 说明 名称
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”，其他参数可选填。参数填写完成后，单击“确定”，完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用，并使用鼠标拖拽至画布中。
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅地提高了测序速度，有力推动了相关研究。目前，NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
发布流程 您可以将创建的流程发布到资产市场，供其他项目订阅和使用。 发布资产前，需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“流程”。 选择需要发布的流程，单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面，填写发布流程的相关信息。 表1 发布流程参数说明 参数 说明 名称
制作并上传镜像 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、qualimap-bamqc、gatk-markduplicates、gatk-bqsr、gatk-applybqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcf
、取消、删除、克隆、导出操作。对于列表中的作业，支持通过作业名称、流程名称、标签、创建者、状态、创建时间和完成时间进行快速搜索。 如果需要批量创建分析作业，您可以创建自动作业。 当作业执行超时，作业状态显示失败，task状态为运行中。后续task运行成功或失败，作业状态都显示失败
断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或被中断后，下次执行该分段任务时会尝试通过对应的断点记录文件恢复任务。 --jobs -j 否 批量复制时的最大并发数，默认为配置文件中的defaultJobs。 --exclude -x 否 不包含源对象的匹配模式，如：*.txt。 支持“*”匹配多个任意字符和“
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