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受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋，检测类型基于配体，基于氨基酸残基，自动检测，自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节
批量重试作业 功能介绍 批量重试作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/batch-retry 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
批量删除标签 功能介绍 批量删除标签 URI POST /v1/{project_id}/system/labels/batch-delete 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
批量删除作业 功能介绍 批量删除作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/batch-delete 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
批量删除项目数据 功能介绍 批量删除项目数据 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-proje
批量获取资源统计数据 功能介绍 批量获取资源统计数据 URI POST /v1/{project_id}/metric-data/batch-stat-metric-data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
批量取消作业 功能介绍 批量取消作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/batch-terminate 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
批量删除镜像tag 功能介绍 批量删除镜像tag 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-pro
批量更新消息 功能介绍 批量更新消息 URI POST /v1/{project_id}/notices/batch-update 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128
批量删除项目成员 功能介绍 批量删除项目成员 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-proje
批量删除通知消息 功能介绍 批量删除通知消息 URI POST /v1/{project_id}/notices/batch-delete 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1
NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前，请先参考上传数据，上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 数据上传完成后，在流程设计器页面，分别单击应用参数左侧图标，设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。
health upload D:\local\data\xxx.R1.fastq.gz /input-data/ 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一：对于输入参数，打开“并发”开关，在启动作业时，每个参数可以设置多个参数值，自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
下载Windows版本的客户端，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录，请使用cd命令切换路径。例如，切换至D盘：
Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制，输出变异数目，变异类型统计等指标。
搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
以提高并行运行效率，镜像制作方法请参见制作gatk-haplotypecaller镜像。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 gatk-mergevcfs:4.1.9.0 docker pull broadinstitute/gatk:4.1.9.0
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