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配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,完成Notebook的创建操作。 在Noteboo
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息,该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
是否平衡电荷。 缺省值:true water_model String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field String 蛋白立场,支持选择amber03, amber94, amber96,
并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64
开始执行自动任务,见example.ipynb教程代码框。 图1 大模型输出计划步骤 图2 写出生信代码 图3 自动执行完成 可以在jupyter的文件系统中看到运行结果,也可以在基因平台项目的数据页面查看文件结果: 图4 jupyter中查看运行结果 图5 基因平台查看运行结果 在基因平台项目中查看自动投递的作业。
传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 命令结构 health
"description" : "description", "nullable" : false, "primary" : true, "searchable" : true, "unique" : true, "tips" : "tips"
要更新的镜像的源项目名称,不填写时默认为当前所在的项目。 image-name 无 是 要更新的镜像名称。 --type -t 否 镜像类型,只支持APP或者NOTEBOOK。 --description -d 否 镜像描述。当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 --chip -c 否 镜像芯片类型,只支持ARM或者X86。
String 查询参数格式的提示信息 最小长度:0 最大长度:1024 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "name" : "demo-instance", "description" : "description", "template" : {
快照方式制作镜像示例: 本示例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 例如,
String 流程名称 description String 流程描述 labels Array of strings 流程标签 workflow_file String 流程的文件名 workflow_file_url String 流程的文件名下载地址 main_file String
object 作业依赖的组件信息 job_name String 作业的名称,取值范围:[1,63],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-) job_name_type String 作业的名称类型 job_description String 作业的描述,取值范围:输入字符最大长度为255
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。
# 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-name 无 是 归档名称。 --path -p 是 归档的数据路径,多个对象用分号(;)分隔,开头不需要加/。例如, "xxx";"yyy"。 --description -d
终端节点 终端节点(Endpoint)即调用API的请求地址,不同服务不同区域的终端节点不同,您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示,药物设计、临床研究的终端节点如表2所示,请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点(医疗智能体平台API)
获取归档数据 使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否