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过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包
消息中心管理 获取消息列表 统计消息信息 获取用户邮件配置 设置用户邮件配置 邮箱连通性测试 获取消息邮件配置 设置消息邮件配置 删除消息邮件配置 获取消息清理规则 设置消息清理规则 获取通知消息列表 批量删除通知消息 批量更新消息 父主题: 系统管理
S小数据集”进行分析。 图3 订阅数据 可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图4 查看订阅的数据 步骤3:启动作业 在流程页面,单击“启动作业”按钮,根据实际情况填写作业名称等信息。 图5 启动作业 图6 设置作业名称 作业设置完成后,会显示流程中的各个应用信息,再此可以指定实际的运行参数。
单击项目名称,进入项目“设置”页。 单击“添加”,添加成员。 图1 添加成员 输入已添加至平台的用户的全称。 图2 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”,将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中,单击“操作”列“分享”。
允许删除”取消禁止删除设置。 图7 开启禁止删除数据 支持设置最多15个数据的禁止删除状态。 如果平台或者父目录设置禁止删除状态,则对应的数据根路径或者子路径均为禁止删除状态,子路径不支持同时设置允许删除状态;如果平台或者父目录设置允许删除,则之前子路径设置的禁止删除权限失效,全部子路径允许删除。
系统配置和供应商配置 查询系统配置列表 获取供应商配置 设置供应商配置 获取跨域归档配置 修改跨域归档设置 父主题: 系统管理
获取地址请参见获取镜像。 CPU 设置CPU大小。 取值范围:1~128,默认为1。 GPU 设置GPU大小。 取值范围:0~16,默认为0。 内存 设置内存大小。 取值范围:2~512,默认为2。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OB
应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时
导入网上数据 引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题: 数据管理
对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publishDir配置,用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的,
修改用户基本信息 删除用户 预验证 获取可用的认证方法 修改密码 新用户重置密码 更新用户角色 最终租户修改子用户 发送验证码 更新用户设置 查询用户设置 父主题: 系统管理
MD:平衡步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤50ns,默认是50ns。 配置作业配置,单击“提交”。 名称:设置作业名称。 标签:设置作业标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 图2 设置靶点优化MD配置页面 查看靶点优化结果 单击作业名称,进入作业结果页面,拟时结果根据构象RMSD聚类。
否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels -n 否 用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0
单击项目名称左侧图标,或双击项目行中的空白处,展开项目概览页面。您可以在该页面查看项目的描述、标签、创建时间、更新时间、是否核心项目、数据大小和成员信息。 图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称,进入项目“设置”页面。您可以在该页面,查看项目的数据存储量、作业总量、流程数量和应用数量,修改项目是否核心项目。
归档数据 平台支持数据的归档机制,您可以将核心数据进行归档,避免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型
单击项目名称后面,进入项目设置页。 选择“成员管理”,单击“添加成员”。 图1 添加成员 选择已添加至平台的成员名称及权限。 图2 选择成员 单击“确定”,将用户添加至项目中。 移除、修改项目成员 单击项目名称后面,进入项目设置页。 选择“成员管理”,在“权限”列重新设置项目成员角色。 详
名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 参数设置后单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果。 查看运行结果。在聚类结
由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将
骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库:最多可选择10个数据库。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 输出个数:输出个数越多,任务时间越长。 作业名称:设置作业名称。长度为5
单击“下一步”,在对接设置页面配置相关参数。 图3 设置参数信息 引擎:对接引擎支持DSDP,AutoDock Vina和Similar Docking。DSDP是由北大高毅勤团队研发的基于GPU加速的对接方法,支持全局对接。 如果对接引擎选择Similar Docking,不需设置口袋信息,