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分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消息中心”
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
上传失败可能原因 镜像命名不规范 镜像版本不存在 上传镜像数量超出配额 待上传项目不存在 对于--description 参数,当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 父主题: 镜像管理命令
要更新的镜像的源项目名称,不填写时默认为当前所在的项目。 image-name 无 是 要更新的镜像名称。 --type -t 否 镜像类型,只支持APP或者NOTEBOOK。 --description -d 否 镜像描述。当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 --chip -c 否 镜像芯片类型,只支持ARM或者X86。
台”,在平台右上角单击用户名,选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中,也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。
OBS存储类型的Notebook 在创建Notebook时,如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和OBS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据,会同步到Notebook中,Notebook中的操作也会同步到OBS中,如图2所示。
归档存储的费用为单独计费。 删除原数据 是否删除原数据。如果选择删除原数据,系统会在归档完成后统一删除已归档数据。归档后的数据可在归档中心查看或恢复。 在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。 图1 设置作业保留条数
单击“查看详情”可以直观查看小分子的结合能和属性信息。 图11 查看详情 单击按钮,可以收藏对接结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 分子对接结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图12,在卡片视图中: 图12 查看输出结果(3) 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。
管理作业 在“作业中心”页签,您可以查看已创建的作业。在操作列,您可以对已创建的作业执行克隆、删除操作。支持对等待中的作业进行取消操作,取消后作业不计费,运行中的作业不能取消。 删除单个作业 选择需要删除的作业,单击“操作”列“删除”即可。 图1 删除单个作业 批量删除作业 一次
进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理,项目级用户不同角色对应的权限请参考成员角色和权限。 图1 系统级别用户管理 图2 项目级别用户管理 购买平台的账号是资源的归属以及使用计费的主体,对其所拥有的资源具有完全控制权限。 在您购买了平台后,所属账户即为平台的管理员账户
作业信息页面也支持标签修改,点击标签进行修改。 作业执行状态如下所示。 等待中:作业创建成功,等待处理中。等待中的作业支持取消。 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业不允许取消。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。
)是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药物分子与靶酶相互结合,首先就需要两个分子充分接近,采取合适的取向,使两者在必要的部分相互契
OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据,会同步到Notebook中,Notebook中的操作也会同步到OBS中,如图
系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的流程状态。当流程发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的流程。 已发布的流程不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的流程可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的流程可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的流程。若版本不同,
虚拟药物筛选可以使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签,单击“新建研究”。 图1 新建研究 填写任务的基本信息
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板