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修改数据库实例 使用edit命令修改数据库实例。 命令结构 health edit database instance <instance-id> [flags] 或者 health edit db instance <instance-id> [flags] 表1 参数说明 参数
新建流程 选择“工具>Nextflow”,单击“新建流程”。 填写流程基本信息。 名称:设置流程名称。名称长度为1-56,只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 标签:选择流程标签,最多可添加5个。 描述:设置流程相关描述。 单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。
以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 在EIHealth平台“项目 > 数据”页面,展开数据文件夹,选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图1 下载数据 使用命令行工具下载数据 使用download命令将E
docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台,在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4:创建应用 在“项目管理”页面“工具”页签中,单击“新建应用”。 填写应用的基本信息。 “名称”填写fastqc,“版本”填写v0
单击应用图标,弹出编辑图标,单击按钮,设置应用参数。 参数确认无误后,单击界面上方“启动作业”按钮,可以直接基于该流程创建分析作业。 通过“工具”页面创建 在“工具”页面,流程列表中,单击“操作”列“启动作业”。在弹出的作业设置页面,填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”,设置“输
力支持,让科研过程标准化、可执行,提升医疗健康的服务能力和普惠水平。同时通过丰富的加速技术,实现算法工具的数倍加速,加速生物医疗大数据的分析。 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视
不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除,即可解决该问题。 父主题:
、Kernel、Help等丰富功能。详细说明建议参考Jupyter Notebook使用文档,下方工具栏提供了常用的功能,能够满足常见的Python运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作,从左到右分别为:保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的
支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。
定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4
使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1:订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据,则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。
Container,简称SWR)是一种支持镜像全生命周期管理的服务,提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能,帮助您快速部署容器化服务。 医疗智能体使用SWR存储工具镜像,包括内置工具及自定义工具的存储。
引用数据库或者导入数据到指定数据库 使用import命令引用数据库实例到当前所在项目或者导入数据到指定数据库。 命令结构 health import database instance <instance-id> [flags] 或者 health import db instance
据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要通过命令行工具完成。请参考配置命令行工具章节,下载命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式,建议您使用第一种,通过获取已
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 对于非挂载目录以外的目录下的文件,重
数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。 父主题: 数据管理
步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。
功能模块 靶点发现 苗头化合物发现 先导化合物优化 通用工具 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析