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式制作镜像。如果采用快照方式制作镜像,则每次变更都需要执行操作命令,制作过程较为繁琐。 Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的方式用Dockerfile文件写出来,然后执行docker build -t tsj/image:tag .命令,自动完成镜像制作。 命令中“.”
然后单击“高级 > 继续前往xxxx(不安全)”,页面显示“403 : Forbidden”,然后返回Notebook列表页面。 请不要使用无痕浏览器访问。 返回平台操作界面,在Notebook列表中,选择已经创建的Notebook,单击“操作”列的“打开”,进入Notebook开发页面。
”格式。请依据操作系统的路径规范使用,如示例中的D:\local。 如果路径中带有特殊字符比如()之类的,运行的时候需要将整个路径用""括起来,或者用\将字符转义,例如:health cp "/src2/abs(1).txt" /src1/ 或者 health cp /src2/abs\(1\)
、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 使用限制 EIHealth平台兼容最新版本的Edge或Chrome浏览器。 基因平台在升级过程中不支持资源购买、删除。
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药
式制作镜像。如果采用快照方式制作镜像,则每次变更都需要执行操作命令,制作过程较为繁琐。 Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的方式用Dockerfile文件写出来,然后执行docker build -t tsj/image:tag .命令,自动完成镜像制作。 命令中“.”
设置bwa-mem输入数据 图10 设置picard-insertsize输入数据 若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进行查看,同时若发现指定的参数有问题,也可再此处进行删除参数。 图11 删除参数 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业,同时会跳转回作业列表。 图12 作业列表
单击作业页面的“新建作业”按钮,并选择需要运行的流程。这里作业名称可以用默认的名称,也可自己更改一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
成长地图 | 华为云 医疗智能体 医疗智能体(EIHealth)基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发、临床研究三个领域提供专业AI研发平台。 产品介绍 用户指南 仅两个按钮时选用 立即使用 成长地图 由浅入深,带您玩转EIHealth 01 了解 医疗智能体(E
# 配合GenomeAgent(model='fromconfig')使用,配置模型的模型推理参数,预留参数接口,给需要调用的自部署模型用 # 请注意:您调用的第三方大模型API服务,其数据传输及处理可能涉及第三方服务器。本应用及平台不对第三方服务的内容、准确性、完整性及安全性承担任何责任。
创建分析作业 创建分析作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过“新建流程”时创建 通过“作业”页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 可通过在“系统资源 >
更新自动作业模板 功能介绍 更新自动作业模板 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
批量操作部分成功部分失败 300 Multiple Choices 多种选择。请求的资源可包括多个位置,可返回一个资源特征与地址的列表用于用户终端(例如:浏览器)选择。 301 Moved Permanently 永久移动,请求的资源已被永久的移动到新的URI,返回信息会包括新的URI。 302
flagstat-file file 基于bam做统计。 qualimap-bamqc 输入参数 bam-file file 输入已经排序好的bam文件。 输出参数 out-dir directory 质控报告的输出目录。 picard-insertsize 输入参数 bam-file
创建自动作业模板 功能介绍 创建自动作业模板 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
failed. 检查用户名密码是否正确。 401 eihealth.01000017 Invalid Referer. 无效的Referer,请检查浏览器设置。 403 eihealth.01000003 The token has expired. Token已过期,请重新获取。 403
查询自动作业模板 功能介绍 查询自动作业模板 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
flagstat-file file 基于bam做统计。 qualimap-bamqc 输入参数 bam-file file 输入已经排序好的bam文件。 输出参数 out-dir directory 质控报告的输出目录。 picard-insertsize 输入参数 bam-file