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流程名称不支持修改。 version: '1.0.0' # 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数字或大写字母开头,允许出现中划线,必须以大小写字母或数字结尾。更新流程时,流程版本不支持修改。 summary:
最大长度:1023 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 更新Nextflow流程,修改流程描述为description,标签为labelA,labelB,流程主文件为main.nf https://eihealth.cn-north-4
图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称,进入项目“设置”页面。您可以在该页面,查看项目的数据存储量、作业总量、流程数量和应用数量,修改项目是否核心项目。 同时,可以查看项目的基本信息、数据控制信息和成员信息。 图4 项目详细信息 项目状态 可用:项目当前状态正常。项目创建
使用。 您可以在项目的应用列表中,查看隶属于该项目的应用,也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。 创建应用 应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“新建应用”引入相关软件。
到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改作业yaml模板。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见作业配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中作业管理-创建作业
求进行加密签名。 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥,对请求进行加密签名,可标识发送方,并防止请求被修改。 使用AK/SK认证时,您可以基于签名算法使用AK/SK对请求进行签名,也可以使用专门的签名SDK对请求进行签名。详细的签名方法和SDK使用方法请参见API签名指南。
是 String 流程名称,取值范围[1,56],允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-)和下划线(_)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 description 否 String 流程描述 取值范围[0,65535] 最小长度:0 最大长度:65535
health文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 清空配置请执行health
000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。 使用“*-time2”,代表匹配最后修改时间在time2之前的所有文件。 使用“time1-*”,代表匹配最后修改时间time1之后的所有文件。 同步上传文件夹时该参数可选。 --mf -m 否 设置名称匹配模式(i
)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 version 是 String 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数字或大写字母开头,允许出现中划线,必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新流程时,流程版本不支持修改。 最小长度:1 最大长度:24
)。更新流程时,流程名称不支持修改。 最小长度:1 最大长度:56 version 是 String 流程版本,取值范围[1,24],以小写字母或数字或大写字母开头,允许出现中划线,必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新流程时,流程版本不支持修改。 最小长度:1 最大长度:24
增量下载操作,设置该参数后,下载每个文件时会比对本地的文件,仅在以下情况时下载数据: 文件不存在。 下待载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
以单击文件名称进入。 图3 编写文件 表1 编写文件页面介绍 区域 区域名称 详细说明 1 文件名称 您可以在此区域填写自定义的文件名称,修改保存后,对应的File列表也将发生变化。 2 菜单栏 菜单栏中有File、Edit、View、Insert、Cell、Kernel、Hel
health”文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 初始化配置时,如果命令
增量上传操作,设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件,仅在以下情况时上传数据: 文件不存在。 待上传文件大小与平台文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 tasks 是 Array of JobTaskDto objects 步骤的参数修改信息 数组长度:0 - 64 表4 JobTaskDto 参数 是否必选 参数类型 描述 task_name 是 String 子任务实际名称,取值范围[1
yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台启动作业过程一致。模板修改好后,再使用命令行工具上传模板,启动分析作业。 # 详情说明可参考API文档中作业管理-创建作业 job: name: demo-job
mirror。您可以在容器中执行如下命令,查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror,可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi mirror。 cat /root/.pip/pip.conf.product [global] index-url =
的动作和状态,单击图标,展开“事件”。 图1 作业详情 如果作业显示运行正常,但实际作业中的某一个应用运行失败,请检查输入数据是否正常,并修改算法程序入口的main函数,保证运行结果有显式的返回值。 故障说明 作业运行时,每个应用称之为一个任务(Task)。部分场景下,任务输入数
应用版本 取值范围:[1,24],以小写字母或数字或大写字母开头,允许出现中划线,必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新应用时,应用版本不支持修改。 最小长度:1 最大长度:24 summary 否 String 应用简述 取值范围[0,128] 最小长度:0 最大长度:128 description