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Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型，因此不用自己去写复杂的并行化的
本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用，或将其编排至流程，和其他应用一起使用。 创建F
)。更新流程时，流程名称不支持修改。 最小长度：1 最大长度：56 version 是 String 流程版本，取值范围[1,24]，以小写字母或数字或大写字母开头，允许出现中划线，必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新流程时，流程版本不支持修改。 最小长度：1 最大长度：24
)。更新流程时，流程名称不支持修改。 最小长度：1 最大长度：56 version 是 String 流程版本，取值范围[1,24]，以小写字母或数字或大写字母开头，允许出现中划线，必须以小写字母或数字或大写字母结尾。更新流程时，流程版本不支持修改。 最小长度：1 最大长度：24
添加数据 在添加数据前，您可以创建存储数据的文件夹，将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹，可以直接添加数据。 （可选）新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”，创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则： 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法，将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类，从而找到有效骨架 ，辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用OBS类型数据时，如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”，则将该数据引用过来后，该数据不能用于创建分析作业、数据库导入数据，并不可下载、归档。 引用外部OBS桶的数据时，在页面左侧数据栏中，将显示出完整的外部桶
冻结：冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止，此时可以将项目暂时冻结，待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况，当前正在运行的分析作业会继续执行直到完成。冻结的项目可以通过“解冻”操作重新激活。 解冻：解冻项目。 转移：将项目转移给其他用户。“转
导入应用 导入应用是将隶属于其他项目的应用导入至本项目中，一次至多导入50个应用。 使用“导入应用”功能，用户需是其他项目中的成员，且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入应用”，进入导入应用页面。 图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用，选择应用的版本。“
请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
导入流程 导入流程是将隶属于其他项目中流程导入至本项目中，流程所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能，用户需是其他项目中的成员，且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”，进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程，选择流程
数表示系统所有用户的作业总条数。 图1 设置作业保留条数 设置消息保留条数 您可以在系统设置中设置消息最多保留条数。超过设置的数值后，系统将按照先后顺序自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”，设置消息的保留条数。设置消息保留期功能只有管理员用户可进行操作。 消息通知最少
eihealth.01020040 The core project can not change to non-core project. 核心项目不可修改为非核心项目。 400 eihealth.01020042 The storage capacity limit must not be less
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装，应用既可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用，创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成，流程中的各个应
提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本，开箱即用，随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务，将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
能单击提交。 原始配体 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding
ParseException: Unparseable date，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log提示其它因脚本语法的问题，请根据报错信息进行修改，若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态，task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态（失败、成功、取消），但是仍有部分task处于运行中。
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时，除了自定义数据库外，支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板
mirror。您可以在容器中执行如下命令，查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror，可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi mirror。 cat /root/.pip/pip.conf.product [global] index-url =
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