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workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
fastq；对于ENUM类型，可以提示一定要在param_enum列表范围内取值；对于FILE类型，约束文件后缀类型；对于DIRECTORY类型，提示目录下需要包含哪些文件； 最小长度：0 最大长度：64 values Array of strings 参数取值 如填写，只支持填一项，根据参数类型进行不同的校验
-l 否 是否删除已归档数据（默认false）。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --storage-type -s 否 归档的存储类型，支持STANDARD和COLD。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程。
递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（不包含src文件夹本身）至本地d
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，仅支持FASTA，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1
进入命令模式。 删除文件或文件夹 如果需要在Notebook中删除文件或文件夹，您可以在“Files”列表中勾选待删除的文件或文件夹，然后单击上方的红色删除按钮，即可删除选中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后，需单击右上角的刷新按钮刷新页面，清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。
递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（不包含src文件夹本身）至本地d
单击“下一步”，添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”，添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包，则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf，为压缩文件夹中的文件完整路径。例如：main.nf。若不填写，默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip，大
选择一个文件上传。 图7 上传文件 编辑文件 JupyterLab可以在同一个窗口同时打开几个Notebook或文件（如HTML、TXT、Markdown等），以页签形式展示。 JupyterLab的一大优点是，可以任意排版多个文件。在右侧文件展示区，您可以拖动打开文件，随意调整文件展示位置，可以同时打开多个文件。
是 Array of DockingReceptorDto objects 受体文件列表。 数组长度：1 - 20 ligands 是 Array of LigandDto objects 配体文件列表，当前仅支持1个。 数组长度：1 - 1 engine 否 String 引擎，默认为AUTODOCK_VINA。
object 作业基本信息。 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 ligand 是 ProbeDrugFile object 探针文件。 params 否 PocketDetectionParamDto object 靶点口袋发现设置参数。
String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。
批量删除分段上传任务的最大并发数，默认为配置文件中的defaultJobs。 批量删除分段上传任务时该参数可选。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹，命令执行完成后，会在该文件夹下生成结果清单文件（可能包含成功结果和失败结果两个文件），默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。
最小长度：1 最大长度：63 表4 NotebookStorage 参数 是否必选 参数类型 描述 path 是 String notebook存储路径 最小长度：1 最大长度：4096 mount_path 否 String 挂载路径，由于目前暂不支持自定义挂载，暂不开放 最小长度：1
summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt：将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf：将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor
受体蛋白文件。 ligand 是 ReceptorDrugFileReq object 配体小分子文件。 表4 RunReceptorPreprocessReq 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 ReceptorDrugFileReq object 受体文件。 remove_water
pdbqt：将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf：将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt：将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w：分子对接。
命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式，建议您使用第一种，通过获取已经执行成功的NGS配置文件，并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台
针对构建Index后的bam文件，统计测序数据的Insert size的分布。 Bam QC 评估比对得到的bam文件的质量。 GATK MarkDuplicates 标记比对bam文件中的重复Reads。 gatk BaseRecalibrator 基于比对bam文件评估矫正参数。 gatk
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