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oken。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 FormData参数 参数 是否必选 参数类型 描述 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 重试Nextflow作业 https://eihealth.cn-north-4
计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题: API(医疗智能体平台)
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CIF,仅数据源为RAW时提供。
归档路径集 最小长度:1 最大长度:2000 数组长度:1 - 50 storage_type 否 String 存储类型,可选择标准(STANDARD)或归档存储(COLD) 枚举值: STANDARD COLD delete_archived_data 否 Boolean 是否删除已归档数据
Map<String,Object> nextflow流程返回的全量参数列表 config_files Array of strings 作业标签 config_context String nextflow config文件内容 表4 NextflowParamsDto 参数 参数类型 描述 name
您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
数据类型:File 必传:是 参数4 参数名称:fq-file2 数据类型:File 必传:是 参数5 参数名称:ref-file 数据类型:File 必传:是 输出参数 参数1 参数名称:fq-file1 数据类型:File 必传:是 默认值:/fastp_1.fq.gz 参数2
小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
> 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
fasta格式文件,最多上传1个文件,文件中最多支持100条氨基酸序列,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 pdb格式文件,最多上传100个靶点文件,如果上传多聚体靶点,仅解析第一条链,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID,最多输入100个PDB
删除:关闭删除后,项目内数据不允许通过平台、命令行工具删除。 图1 数据保护策略 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的写操作(默认)和读操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内
数组长度:0 - 5 workflow_id 是 String 作业依赖的流程id 最小长度:0 最大长度:135 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] priority 否 Integer 作业的优先级,取值范围[0,9],0最低,默认数值0 最小值:0
删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于“项目管理”页面“工具”页签中。在该页签中,以列表形式展示了项目中的流程。您可以新建流程、导入流程或上传流程,并查看流程详情、版本、创建
作业基本信息。 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 molecule_file DrugFile object 分子文件。 num_trials Integer 生成分子数量。 最小值:0 最大值:5000 binding_site BindSiteDto
workflow命令引用本地的配置文件,创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d
logs Array of LogContentDto objects 作业日志内容列表 log_storage_link String 作业日志存储链接 表5 LogContentDto 参数 参数类型 描述 collect_time String 作业日志采集时间 content String
在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。 将fastp的输出参数fq-file1、fa-file2和bwa-mem的输入参数fq-filefq-file2相连。 图2 fastp、bwa-mem连线关系 在流程设计器左侧应用列表中选择qualimap-
参数类型 描述 id String 已绑定的集群id。 name String css集群名称。 storage Integer css集群总存储。 import_time String css集群导入时间。 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "count" :
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal