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自由能微扰作业管理 创建自由能微扰作业 查询自由能微扰作业详情 父主题： API（盘古辅助制药平台）
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探
购买资源 盘古辅助制药平台购买完成后，单击“进入平台”，在平台右上角单击用户名，选择“资源中心”。 您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中，也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1
048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID，最多输入100个PDB ID，用逗号或换行方式隔开；不区分大小写；如果输入多聚体靶点，仅解析第一条链；每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。
式。 图2 输入分子 单击“下一步”，进入靶点设置，此步骤为可选步骤，如果需要设置靶点，并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化，需要进行配置。最多可添加2个靶点。在添加靶点后，会进行单分子预对接，可查看Top1的对接打分与构象。 如果不需要设置靶点，此步骤可以进行省略，如果设置了靶点，作业运行时间会加长。
查看节点执行规则 图7 查看节点伸缩历史 图8 查看关联节点列表 配置缩容策略 缩容策略只支持统一配置，且不会对手动购买的计算资源节点缩容。 在平台右上角用户名中选择“系统资源>计算资源>节点伸缩策略”。 单击“配置缩容策略”。 图9 配置缩容策略 表2 缩容策略参数说明 参数 说明 空置时间
节点存储：建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置：输入管理员密码，公网访问选择“自动绑定”，单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步：高级配置”，在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。 图6 高级配置 确认配置，无误后单击“立即创建”，即可完成购买。
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型，根据给定的目标分子，可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。
或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子：可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。
QED： quantitative estimate of drug-likeness, 成药性。 结果解释：大于0.67为易获取，0.49 ~ 0.67不易获取，小于0.34为化合物太复杂。 SAscore： Synthetic accessibility score，合成可及性分数，旨在评估分子的合成难易程度。
流程创建成功后，您可以对流程进行编辑，删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程，单击操作列的“编辑”，进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改，您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”，可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程文件后的“下载”，可下载该流程文件。
在“功能模块”页面，选择对应的模块，单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面，配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”，在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”，在对应的模块页面配置详细信息，具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作
图1 设置靶点优化配置页面 单击“下一步”，配置靶点优化配置参数。 MD引擎：仅支持GROMACS。 时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy
构相似的化合物聚成一类，从而找到有效骨架 ，辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件；文件大小不超过5G；小分子支持10-10
当数据过大，或者数据处于服务器上时，页面传输并不是很方便，所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
创建项目 新用户进入平台后需要自己创建项目，单击“创建项目”按钮，填写项目名称以及选择对应的数据保护策略，数据保护策略参考下面配置。 图1 创建项目 单击项目名称可进入到对应的项目中。 图2 进入项目
不同类型的归档，费用分别是多少 选择归档存储类别涉及以下三种计费： 归档类别数据的存储费用 恢复归档数据的流量费用 提前删除归档数据（不满90天）收取的费用 存储类型 存储空间（按需） 存储套餐包（1TB 1年） 数据取回（直读） 数据取回（加急/标准） 删除对象 标准存储 0.0990元/GB/月
场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook 在创建Notebook时，如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和OBS中的数
务的桶。 若设置了该参数，必须确保更新了配置文件中客户端跨区域复制的相关配置信息，具体可参考更新配置文件。复制时源桶对应的配置信息为配置文件中的：akCrr/skCrr/tokenCrr/endpointCrr，目标桶对应的配置信息为配置文件中的：ak/sk/token/endpoint。
机字符。 消息头：发送邮件时，邮件标题。 语言：选择中文或英文。 删除邮箱后，将不再发送邮件通知。 图1 邮件配置 邮箱配置完成后，单击“测试”，验证配置是否有误。配置成功后将在邮箱中收到测试通知。 图2 邮箱测试通知 收到邮箱测试通知后，单击“更新”，完成邮箱设置。 设置邮箱接收消息范围
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