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点,仅解析第一条链,每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID,最多输入100个PDB ID,用逗号或换行方式隔开;不区分大小写;如果输入多聚体靶点,仅解析第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID
选结果。可参考视频介绍了解详细的使用指导。 在图2中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称,在弹窗中单击图标,可以对结合能数据进行排序。 单击图标,在弹窗中可以自定义选择要显示的列。 图1 神农项目 图2 药物筛选结果 父主题: 大规模药物虚拟筛选
执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心
存储资源 存储资源的计费模式是按需或者购买套餐包的形式, 按需计费可根据数据量的大小收费,故不需要提前进行购买 套餐包需提前购买,当存储用量超过套餐包规格时,超出部分将自动按量按需计费 图1 存储资源 图2 存储套餐包 图3 购买存储套餐包 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
全部接收:自己有权限访问的项目中产生的操作,包含自己和其他项目成员所执行的操作。默认为全部接收。 不接收:不接收操作通知。 接收类型 数据操作:数据的复制、删除、导入等异步操作通知。 作业进度:分析作业开始执行、执行成功通知。 系统消息:项目删除、内存使用量告警、消息清理通知。 图3 消息通知
并设置是否“清空作业状态更新列”,状态更新列的值为空的数据才会投递作业。 选择“新建一列”,需要输入新建的列名。 图2 设置作业基本信息 定义触发器。使用触发器来筛选需要运行作业的数据,并且满足状态更新列的值为空的数据才会被投递作业。 单击“添加条件”,在数据列名、判断模式、值中定义投递作业的触发条件。数据列
单击,可以收藏该分子属性预测结果,收藏后的结果可在收藏夹页直接查看。 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 图2 查看结果(1) 分子属性预测结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图3,在卡片视图中: 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。 图3 查看运行结果(2)
添加项目成员有两种不同的方法,请任选其中一种方法操作。 方法一 单击项目名称,进入项目“设置”页。 单击“添加”,添加成员。 图1 添加成员 输入已添加至平台的用户的全称。 图2 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”,将用户添加至项目中。
作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。 图1 查看分子对接结果 在输出结果右侧的配体展示列表中,可以单击需要收藏的配体卡片右上方的进行收藏(在3D视图下),收藏配体列表前两位的配体。 单击页面右上角的“只看收藏”,页面筛选出收藏的配体。如果查看全部配体,单击页面右上角的“查看全部”,出现全部配体。 图2 收藏配体
Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取:可以选择版本,目前支持选择的安装包版本v22
在“Files”列表中勾选待删除的文件或文件夹,然后单击上方的红色删除按钮,即可删除选中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后,需单击右上角的刷新按钮刷新页面,清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。
在成员管理页面可以添加或者移除访问该项目的成员。 图3 成员管理 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作(默认)和仅写操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。
优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节
单击数据中心右上角“引用”。 选择需要引用的项目以及项目中的数据,或者选择待引用的OBS桶路径,先选择OBS桶所在区域,再选择OBS桶名称,支持选择不在同一区域的OBS桶。 图3 引用数据 单击“确定”,引用其他项目中的数据至本项目。 引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用OBS
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
单击“添加数据”,类型选择“引用”。 图3 引用数据 选择需要引用的项目以及项目中的数据,或者选择待引用的OBS桶路径,先选择OBS桶所在区域,再选择OBS桶名称,支持选择不在同一区域的OBS桶。 单击“确定”,引用其他项目中的数据至本项目。 引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用
通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件;文件大小不超过5G;小分子支持10-10,000个,超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子:可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。
vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。 选
传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数填写无误后,单击“立即创建”,创建Notebook。 步骤3:预览AutoGenome案例 打开创建的Notebook。
或者结尾。 图1 添加标签 单击“确定”,标签添加完成。系统最多可添加100个标签。 删除标签 标签删除后不可恢复,请谨慎操作。 在“标签管理”页面,单击操作列的“删除”。 在“删除标签”弹窗中,单击“确定”。 批量删除标签 您可以一次选中多个标签,单击页面左上角的删除按钮即可。