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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后
如何搭建Docker环境 制作Docker镜像，有以下两种方法。 快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：
制作Docker镜像，有以下两种方法。 快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息，该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时，列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标
设置邮箱消息的接收范围和接收类型。 接收范围 仅自己接收操作：自己所执行的操作。如果选择此项，接收类型默认全选。 全部接收：自己有权限访问的项目中产生的操作，包含自己和其他项目成员所执行的操作。默认为全部接收。 不接收：不接收操作通知。 接收类型 数据操作：数据的复制、删除、导入等异步操作通知。
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时，需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如，设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时，首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
否 查询某个类型的镜像，可选APP、NOTEBOOK、OTHER。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 查询当前所在项目demo-project下面的类型为APP的镜像。 health docker images -t APP # 执行成功返回结果如下
全可靠的镜像管理。单击项目名称，进入所选项目，在“镜像”页签中，以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息，执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如，您可将Cell Ranger软件封装为
过“导入应用”的方法，导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用，并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间，可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定
object 应用申请资源 inputs 否 Array of AppInputParameterDto objects 应用的输入参数列表 数组长度：0 - 128 outputs 否 Array of AppOutputParameterDto objects 应用的输出参数列表
object 应用申请资源 inputs 否 Array of AppInputParameterDto objects 应用的输入参数列表 数组长度：0 - 128 outputs 否 Array of AppOutputParameterDto objects 应用的输出参数列表
删除应用 功能介绍 删除应用 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 app_id 是 String 应用id
发布应用 功能介绍 发布应用 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/apps/{app_id}/publish 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
String 应用id name String 应用名称 version String 应用版本 summary String 应用短描述 description String 应用描述 labels Array of strings 应用标签 image String 应用镜像 commands
更改分析存储介质，例如使用更高性能的IO加速方案（SFS Turbo、EVS），如使用SFS Turbo加速，在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行，进而降低带宽、IO需求，使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法，如使用内存做缓存等，降低软件的IO需求。 针对特定的项目，对带宽或IO性能进行扩容。
h-4为project的名称，获取方法请参见获取用户名、账号名和项目name。 scope参数定义了Token的作用域，下面示例中获取的Token仅能访问project下的资源。您还可以设置Token的作用域为某个账号下所有资源或账号的某个project下的资源，详细定义请参见获取用户Token。
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