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参数类型 描述 limit 否 Integer 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为100,取值范围[1,1000]。 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 offset 否 Integer 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000]。
和DESC,默认DESC,只有在--data参数使用时才生效。 --columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否
在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。 父主题: 运行作业
“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据
Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
为空时,获取当前用户有权限访问的项目列表。 --current -c 否 同时使用project-name和--current,查询当前所在的项目详情信息。 --policy -p 否 查看项目的数据权限策略。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Lin
大小:不超过20KB 描述 针对此流程的相关描述。 单击“立即发布”。 系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的流程状态。当流程发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的流程。 已发布的流程不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的流程可以取消,取消后状态为发布失败。
大小:不超过20KB 描述 针对此数据的相关描述。 单击“立即发布”。 系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的数据状态。当数据发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的数据。 已发布的数据不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的数据可以取消,取消后状态为发布失败。
大小:不超过20KB 描述 针对此应用的相关描述。 单击“立即发布”。 系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的应用状态。当应用发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的应用。 已发布的应用不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的应用可以取消,取消后状态为发布失败。
选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“导入应用名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。 图2 导入应用 单击“确定”,导入应用,导入过程中可以查看每个应用的导入状态。 父主题: 工具管理
大小:不超过20KB 描述 针对此镜像的相关描述。 单击“立即发布”。 系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的镜像状态。当镜像发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的镜像。 已发布的镜像不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的镜像可以取消,取消后状态为发布失败。
t-database”和“ligandAnnotation-database”数据库查看数据库详情,在“模板”页签单击“shennongProject”和“ligandAnnotation”查看模板详情。 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 数据库呈现了新冠病毒靶点蛋白和药物的结合能
获取项目ID、项目、账号信息 项目ID、项目名称、账号名(domain name)、账号id(domain id)可登录控制台“我的凭证”页面获取。 父主题: 认证信息
project-demo-image:v1.0 执行health docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传
可以在jupyter的文件系统中看到运行结果,也可以在基因平台项目的数据页面查看文件结果: 图4 jupyter中查看运行结果 图5 基因平台查看运行结果 在基因平台项目中查看自动投递的作业。 图6 查看自动投递的作业 父主题: genomeagent镜像
切换到引用数据的路径,例如引用了gene-assent项目中的DataSet数据,使用health cd命令切换到该路径,并使用health ls名称查看详细数据。 当由引用数据的路径,切换到自己项目数据时,需指明具体的路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ health
有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。 图3 实例的事件 解决方法 若子任务未正常创建,请联系服务技术支持解决。 若子任务正常创建,但是实例未正常创
若当前所在目录为src2,新增子目录dataset。 health mkdir dataset # 创建成功不进行提示,可以使用health ls命令查看目录 父主题: 数据管理命令
使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅流程 步骤2:上传待分析数据 步骤3:创建分析作业 步骤4:查看执行结果 步骤1:订阅流程 使用RNA-Seq流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“RNA-Seq Analysis Based on STAR”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。
库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 Genotoxic Carcinogenicity Rule: 117个子结构,含有该子结构可能通过遗传毒性引起致癌性或者致突变性。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 NonGenotoxic