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分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。
在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态、类型、标签、创建时间
设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,允许取消、强制停止或删除。 图6 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点图呈现,并统计出结合能的均值和标准差。单击热点图,可查看详细的3D分子对接结果、结合能排序、药物注释信息。 同时,基于预置的数据库模板,生成包含药物名称、结合能等信息的数据库。
可以在jupyter的文件系统中看到运行结果,也可以在基因平台项目的数据页面查看文件结果: 图4 jupyter中查看运行结果 图5 基因平台查看运行结果 在基因平台项目中查看自动投递的作业。 图6 查看自动投递的作业 父主题: genomeagent镜像
本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。
本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。
单击右上方的筛选,可以进行属性和相互作用力筛选。 图3 高级筛选 单击每个分子卡片右上方的,可以选择“查看详情”、“查看3D”、“下游分析”、“下载3D”。 查看详情:单击查看详情,跳转至分子详情页进行查看。 查看3D:查看分子的3D视图。 下游分析:靶点口袋分子设计对应的下游分析为分子优化、自由能微扰
和属性信息。 图2 查看结果 单击操作列的“查看详情”,可查看聚类详细信息。 聚类详情页支持以卡片、列表的形式查看,默认展示卡片页面,用户可自行切换。 支持收藏功能,单击按钮,即可收藏CPI预测结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图3 查看聚类详细信息 查看作业信息页面。从作业结
提交成功后,可以在“作业中心”查看执行结果。 查看运行结果。 可以单击“下载”,下载分子属性预测结果信息。单击“操作”列的“查看”,查看分子信息。分子属性预测对应的下游分析为分子优化和合成路径,通过单击“下游分析”可以进行创建。 单击,可以收藏该分子属性预测结果,收藏后的结果可在收藏夹页直接查看。 下载
单击配体列表的可以收藏结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图14 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的配体列表中,每个配体卡片右上角的,可以查看 查看详情:可以查看每个分子的属性信息,score和similarity。 查看属性:查看每个配体的分子属性。 查看2D相互作用图:查看配体中分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。
收藏后可在收藏夹页进行查看。 图2 查看靶点口袋发现结果 图3 查看靶点口袋发现运动轨迹 查看2D相互作用图。 在“作业中心”单击作业名称,在输出结果页面右侧口袋列表,单击口袋后面的图标,然后单击查看2D相互作用图即可。 图4 查看2D相互作用图 查看作业信息图。 在“作业中心
本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。
√ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 开发环境 创建、导入 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 启、停 √ √ √ - - 数据库 创建、导入、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 药物虚拟筛选 创建、修改、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √
项目详情提供了项目中数据大小、成员、创建时间等信息,您可以通过以下两种方式查看项目信息。 查看项目概览 单击项目名称左侧图标,或双击项目行中的空白处,展开项目概览页面。您可以在该页面查看项目的描述、标签、创建时间、更新时间、是否核心项目、数据大小和成员信息。 图3 项目概览 查看项目详细信息 单击项目名称,进入项目“
靶点会默认下载两个靶点的结果。 图11 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的配体列表中,每个配体卡片右上角的,可以查看 查看详情:可以查看每个分子的属性信息和score。 查看属性:查看每个分子的基本属性。 查看2D相互作用图:查看靶点和分子之间的2D相互作用图,并且可以进行图片下载。
下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 图6 查看结果(1) 图7 查看结果(2) 图8 查看结果(3) 单击查看全部展示收敛性分析、RMSF和RMSD结果。 图9 查看结果(4) 单击查看轨迹预览轨迹动图。 图10 查看结果(5) 父主题: 先导化合物优化
在作业列表中,单击对应的作业名称,可查看作业运行状态,运行时间等信息。 图13 作业运行状态 单击具体的每个应用,可以查看每个应用的运行信息:输入输出,节点参数,应用以及日志等信息。 单击具体的输出参数便可跳转到具体的文件位置。 图14 查看应用信息 图15 查看输入、输出数据位置 单击输出参数路径,可以跳转至输出文件位置。
查询配体相似性图计算任务 功能介绍 查询配体相似性图计算任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
每个小分子支持“查看详情”可以进入小分子的属性详情页;支持“下游分析”,可以进行分子属性预测、分子搜索、分子优化、合成路径规划分析。支持收藏功能,单击按钮,即可收藏CPI预测结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图5 查看结果(2) 图6 查看结果(3) 查看作业信息页面。 从作
分段上传任务;或按指定的对象名前缀批量删除分段上传任务。 命令结构 health abort <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 destdir 无 是 待删除分段上传任务的对象名,或批量删除分段上传任务的对象名前缀。 --u -u 否