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push user-tutorials/fastqc:latest –t APP 上传成功后，可以转至平台查看已经上传的镜像。 步骤3：创建fastqc应用 上一步骤中，已经将fastqc镜像上传至平台，本步骤使用fastqc镜像创建应用。 进入“工具 > 应用”界面。 图2 进入应用界面
击某个消息，可查看消息的详细内容。可以在该页面面查看全部、未读和已读的消息。平台首页也会有未读消息提示。 图1 平台首页查看消息通知 图2 查看系统通知 支持标记为已读和批量标记为已读 如果需批量标记已读，可以勾选多个未读的消息，单击“标记已读”。 图3 批量标记已读 支持删除和批量删除
排序，文件可按照时间顺序排序，但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹，并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。 在添加数据页面，选择“上传”，上传待分析数据。 数据上传成功后，单击“确定”。 上传文件大小不能超过1GB。 复制数据 将其他项目的数据，复制到本项目中，并可在本项目中操作该数据。
重新执行出现告警的代码。 您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。
为首字母排序，文件可按照时间顺序排序，但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹，并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。 在添加数据页面，上传待分析数据。 数据上传成功后，单击“确定”。 上传文件大小不能超过1GB。最多不能超过20个文件。 复制数据 将其
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令，请在本地搭建Docker环境，要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目，需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker tag
操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如，您可将Cell Ranger软件封装为镜像，并上传至EIHealth平台。通过应用把镜像引入，利用应用搭建分析流程，执行分析作业。 用于创建Notebook Notebook是一个交互式应用
File 文件流对象 name 是 String 供应商名称 最小长度：1 最大长度：30 响应参数 无 请求示例 设置供应商配置，设置名称，上传图片 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/vendor-config
项目，也可以添加、修改、移除项目成员角色。 数据管理 您可以使用该工具查看、上传、下载、复制、导入、引入、创建和删除项目中的数据，创建、获取、删除、恢复归档数据，也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板，创建、
可以在项目中存储数据，上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中，并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项目，并向其中上传数据、搭建流程、创建分析作
单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件，最多支持输入20个受体文件，文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。
聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件；文件大小不超过5G；小分子支持10-10,000个，超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子：可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。 名称：设置作业
选择创建好，并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对
数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后，单击“提交”，执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务，单击图标，允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败”的任务，单击图标，允许修改任务参数，再次提交任务。 图5 运行状态 查看执行结果 药物和蛋白结合能通过热点
设置为“公共读”。一般私密数据不建议用此方法。 目前仅支持访问用户个人OBS下的链接，不支持读取其他用户公共读的链接。 上传待检测的图片 请参见OBS文档上传对象。 获取图片URL 请参见OBS文档获取对象URL。 父主题： 附录
配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前，请先参考上传数据，上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 数据上传完成后，在流程设计器页面，分别单击应用参数左侧图标，设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。
gpu_type: '' gpu: '0' io_acc_type: SFS 上传并运行作业。 单击“上传作业”，在弹出的页面中上传yaml模板，上传成功后，即可运行作业。 父主题： 作业管理
流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。 若没有，可以先订阅资产市场里的示例数据进行分析，这里先用资产市场中的“人类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3 订阅数据
Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。 使用步骤如下所示。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“Docking Summary”流程至所需的项目中。 进入“专题”页签，单击“新建研究”。 图1 新建研究 填写任务的基本信息，包括选择任务所属项目，研究的名称和描述。 图2 基本信息
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