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镜像类型 支持系统镜像和自定义镜像。 工作环境 选择系统镜像时,工作环境选择“PY3”。 自定义镜像:当提供的镜像无法满足您的需求时,可以使用自己制作的Notebook镜像。镜像制作方法请参见镜像管理。制作Notebook自定义镜像时,需要依赖平台提供的基础镜像,获取地址请参见获取镜像。
String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 memory 否 String 内存申请使用量,取值范围[0.
String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 memory 否 String 内存申请使用量,取值范围[0.
通过“数据”页面上传数据,支持上传最大为1GB的单个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 使用命令行工具上传 命令行工具(eihealth-toolkit)配套EIHealth平台,提供数据、应用、流程和作业资源的管理和使用,支持上传最大为48.8TB的单个文件。 数据上传方法请参见命令行工具概述。
创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull swr.cn-north-4.myhuaweicloud.com/ei
筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。 创建药物虚拟筛选任务 虚拟药物筛选支持使用资产市场中预置的“Docking Summary”流程对小分子化合物配体和蛋白受体进行对接。该流程可以实现以下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。
1核为100m,单位为"C" 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu 是 Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0 最大值:16 缺省值:0 memory 是 Float notebook占用的内存,单位为"G"
功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月
示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。 图1 NGS流程镜像 使用命令行工具,使用health switch project <project-name>命令进入待操作的项目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。
及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
duration Long 总时间 realtime Long 实际运行时间 cpu_percent Double cpu使用率 mem_percent Double 内存使用率 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK { "count" : 1, "tasks" : [ {
删除:运行中的任务不支持删除,只可删除运行结束的数据。 重试:可对执行失败的任务从失败位置进行重试。 图1 数据作业 复制数据 在“数据”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。
SearchTaskData 参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 表5 SearchResult
{0} does not exist. 请使用客户端工具上传镜像。 404 eihealth.01020023 The tag {0} does not exist in the remote image repository {1}. 请使用客户端工具上传。 404 eihealth
对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤,涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant Calling Based On NGS”流程。该案例比“资产市场”流程多出VCF文件进行质控步骤。
ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息 io_acc_id String 作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用; io_acc_expected_usage Integer 作业使用的SFS-Turbo实例预期占用存储量,单位G,用于投递作业时评估当前加速实例余量是否充足
image-name 无 是 镜像名称。 tag-name 无 是 镜像tag名称。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 health docker pull demo-project/demo-image:v1.0 # 执行成功返回结果如下
<obj> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意: 如果为引用数据,必须要使用绝对路径(文件夹最后要加/)。未引用的数据不能查看。 --bf -b 附加参数,可选 设置是否以人方便阅读方式输出结果。取值包括:human-readable、raw。
output_file_type String 生成study作业结果的文件的类型 workflow_name String 使用的workflow名称 label String 使用的workflow标签 create_time String 作业创建时间 update_time String
output_file_type String 生成study作业结果的文件的类型 workflow_name String 使用的workflow名称 label String 使用的workflow标签 create_time String 作业创建时间 update_time String