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的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程,选择流程的版本。“导入流程名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。 图2
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
更新镜像 使用update命令更新当前项目中的某个镜像仓库的描述信息或者类型。 命令结构 health docker update <project-name/image-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 要
创建子用户 使用管理员账户登录盘古辅助制药平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 创建完成后,单击“确认”。 父主题: 用户管理
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息,支持模糊查找。 --type -t
中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后,需单击右上角的刷新按钮刷新页面,清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open Jup
更新项目 使用update或edit命令更新项目描述信息、标签或状态。 命令结构 health update project <project-name> [flags] 或 health edit project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
数组长度:0 - 64 io_acc_id 否 String 作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 最小长度:0 最大长度:128 io_acc_expected_usage 否 Integer 作业使用的SFS-Turbo实例预期占用存储量,单位G,用于投递作业时评估当前加速实例余量是否充足
1],单个标签最大长度63字符 最小长度:1 最大长度:63 数组长度:0 - 1 io_acc_id 否 String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array of JobTaskDto objects 自动作业依赖的流程信息
最大长度:2000 响应参数 状态码: 202 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 数据作业ID 请求示例 复制项目数据,使用覆盖模式,复制到目标目录为test。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{
等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter Notebook使用文档。 支持的AI引擎 Notebook提供的AI引擎是Python 3,适配CPU/GPU芯片。 父主题: 开发环境(Notebook)
上传镜像前,您需要安装容器引擎并完成镜像的制作,详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎,请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project <project-name>
约束限制 当前Nextflow相关特性仅为公测版本,部分功能暂不支持,因此存在如下限制约束。 流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体(EIHealth)平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体e
装的流程写成DockerFile,使用Docker build构建成Docker镜像。 快照方式制作镜像 如果后续镜像没有变化,可通过快照方式制作镜像。 快照方式制作镜像示例: 本示例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。
和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务(OBS) 对象存储服务(Object Storage Service,简称OBS)是一个基于对象的海量存储服务,为客户提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力。 医疗智能体使用OBS存储原始数据、参考组数据、计算结果等。
如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。 如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目录为/opt,假设health存放在/root/health-toolkit/下,需要指定/root/health-toolkit/health路径进行使用。 如果无法运行,提示Permission
'0.1C' # cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 memory: '0
'0.1C' # cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 memory:
下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令