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md窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前,请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,
-i %%a echo/ ) pause 图2 批处理文件说明 如果执行NGS批量任务时需要变更不同的原始数据、参考基因序列、测序平台、文件前缀等,请参考上述批处理文件示例,将需要变更的数据补充完整。 .bat批处理文件需要和命令行工具放在同一路径下,同时,命令行工具需为登录状态。
Ranger和Druglikeness。 项目间资产共享:实现跨项目数据、应用、流程的使用。 开发环境:预置基因组自动建模工具AutoGenome,提供多种AI引擎切换。 应用、流程支持X86、ARM运行。 消息中心:支持异步任务提示。 商用 项目管理 预置流程 数据管理 工具管理 分析作业管理 开发环境
images命令查看制作完成的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像 如果后续镜像经常变更(例如某个软件更新版本),建议使用Dockerfile方式制作镜像。如果采用快照方式制作镜像,则每次变更都需要执行操作命令,制作过程较为繁琐。 Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的
配置eihealth-toolkit(见example.ipynb中配置提示,需要添加config以及切换到当前目录)。 初始化配置请参考步骤3:初始化配置章节。 切换项目,请参考切换项目,运行成功时会提示: health client config file url: /home/health-user/
passwords cannot be used. 请更换复杂度更高的密码。 400 eihealth.01010029 The password cannot contain a phone number or email address. 请更换密码,避免包含电话或邮箱地址。 400 eihealth
分子生成结果支持以3D视图的形式进行查看 单击“查看3D”,可以看到分子的3D构象,如果设置了靶点,还可以看到生成的小分子与靶点的结合构象。 如果上传了双靶点,可以通过切换来切换靶点,查看相应靶点和生成分子的结合构象。如果设置了两个靶点会默认下载两个靶点的结果。 图11 查看3D图 在查看3D的页面中,单击右侧的
您可以使用该工具获取系统标签、系统资源、系统配额信息、消息列表,查询和修改消息及完成作业保留配置,也可以获取和修改供应商logo、名称设置。 项目管理 您可以使用该工具获取、切换、创建、更新、删除和转移项目,也可以添加、修改、移除项目成员角色。 数据管理 您可以使用该工具查看、上传、下载、复制、导入、引入、创建和删
project test命令进入到名为test的项目中。 将本地数据上传到test项目中的src文件夹中。 详细的数据操作命令,如下载、删除、拷贝、切换路径等请参见“命令行工具 > 数据管理命令”章节“命令行工具 > 数据管理命令”章节。 将本地D:\local\data\test.txt
md窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放置所需的目录下,例如:
单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。
创建标签页面 功能介绍 创建标签页面 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/
添加收藏 功能介绍 添加收藏。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/favorites 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 图11 查看聚类详情 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。
查看聚类结果 单击某个聚类的操作列的“查看详情”,即可进入聚类详情页面,聚类详情页支持以卡片、列表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 图16 查看聚类详情 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。
上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板,上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx
AI模型 创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型,目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据,对盘古药物分子大模型进行微调,进行属性预测和迭代活性优化,实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据,对盘古药物分子大模型进行增量预训练,提升化合物表征精度。
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
创建数据库 功能介绍 创建数据库。 URI POST /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数