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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后
获取供应商logo和名称设置 使用get命令获取供应商logo和名称配置,默认将供应商logo图片下载到本地路径。 命令结构 health get vendor-config [flags] # 其中vendor-config可简写为vc 命令示例 本节以Windows为例介绍e
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Noteb
yter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持更加灵活和更加强大的项目操作方式,但具有和Jupyter
本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,
strings 残基列表,当识别模式为残基时提供。 最小长度:4 最大长度:16 数组长度:1 - 32 表4 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药物分
快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成DockerFile,使用Docker build构建成Docker镜像。
快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成DockerFile,使用Docker build构建成Docker镜像。
”。一般私密数据不建议用此方法。 目前仅支持访问用户个人OBS下的链接,不支持读取其他用户公共读的链接。 上传待检测的图片 请参见OBS文档上传对象。 获取图片URL 请参见OBS文档获取对象URL。 父主题: 附录
File 文件流对象 name 是 String 供应商名称 最小长度:1 最大长度:30 响应参数 无 请求示例 设置供应商配置,设置名称,上传图片 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/vendor-config
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Noteboo
算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基于基因组分析结果,可准确识别病毒基因特性,监测病毒变异趋势,在疫情防控、疾病诊治、药物筛选、疫苗设计与药物研发等工作中发挥着不可替代的基础性的作用;也将支撑病毒溯源、
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
镜像管理简介 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台
划线,下划线和点号。 类型 数据。 标签 设置发布数据的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的数据设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下: 格式:svg,png,jpg,jpeg 尺寸:16 * 9 大小:不超过20KB 描述 针对此数据的相关描述。 单击“立即发布”。
特殊符号(多个特殊符号不能连续),以字母或数字结尾。 类型 流程。 标签 设置发布流程的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的流程设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下: 格式:svg,png,jpg,jpeg 尺寸:16 * 9 大小:不超过20KB 描述 针对此流程的相关描述。 单击“立即发布”。
特殊符号(多个特殊符号不能连续),以字母或数字结尾。 类型 应用。 标签 设置发布应用的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的应用设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下: 格式:svg,png,jpg,jpeg 尺寸:16 * 9 大小:不超过20KB 描述 针对此应用的相关描述。 单击“立即发布”。
划线,下划线和点号。 类型 镜像。 标签 设置发布镜像的标签。 最多支持设置5个标签。 短描述 为发布的镜像设置的简要描述。 图片 展示在资产市场的图片。要求如下: 格式:svg,png,jpg,jpeg 尺寸:16 * 9 大小:不超过20KB 描述 针对此镜像的相关描述。 单击“立即发布”。