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{eihealth_project_id}/jobs { "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "priority" : 0,
拷贝其他项目中的文件,将project1项目中的zip文件拷贝至本项目src1中。拷贝其他项目文件,需要是该项目的成员,并具备数据操作权限,详细权限介绍请参见项目成员和权限。 health cp project1:/test/test.zip /src1/ -r -f 父主题: 数据管理命令
"archive_days": 20, "size": 14144732346, "description": "", "operator_name": "ei_eihealth_02", "storage_type":
该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对等步骤,输出针对fastq的qc报告,输出STAR比对得到的bam文件。 MetaGenome Kraken2 pipeline 宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome,或元基因组)是由
模型创建者。 type String 模型类型。 value_range ValueRange object 区间上下限,仅回归型存在。 description String 模型描述信息。 表7 ValueRange 参数 参数类型 描述 lower Float 区间下限,仅回归型存在。
yaml文件填写规则,完整的NGS配置文件请参考本示例以及获取NGS作业配置文件章节得到的作业信息和模板填写。 job: name: ngs-test description '' priority: 0 timeout: 1440 output_dir: '' workflow_id:
0B/0B 435ms Succeed count is: 1 Failed count is: 0 Skip count is: 1 Succeed bytes is: 0B Metrics [max cost:n/a, min cost:n/a
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
约束与限制 使用区域限制 医疗智能体目前支持的区域为“华北-北京四”、“华东-上海一”、华南-广州。 盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药