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应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,以列表形式展示了项目中的应用。
例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。
使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
订阅的镜像类资产,将显示在“项目管理 > 镜像”页面的列表中,以“[资产市场]”进行标记。 订阅的数据类资产,将显示在“项目管理 > 数据”页面。
项目简介 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。
容器镜像服务(SWR) 容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)是一种支持镜像全生命周期管理的服务,提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能,帮助您快速部署容器化服务。
资产市场 资产市场简介 使用Variant Calling Based On NGS流程 使用Docking Summary流程 使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 genomeagent镜像 父主题: 用户指南(基因平台
--image -i 是 notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式为SourceProjectName/ImageName:TagName)。
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像?
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。
枚举值: SYSTEM CUSTOMER image_info 是 ImageInfo object 镜像信息 表7 ImageInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 source_project_name 否 String 源项目名 最小长度:1 最大长度:128 image_name
平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。
镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process test { container 'swr.
枚举值: SYSTEM CUSTOMER image_info ImageInfo object 镜像信息 表6 ImageInfo 参数 参数类型 描述 source_project_name String 源项目名 最小长度:1 最大长度:128 image_name String