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例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。
最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。
使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
最小长度:1 最大长度:128 image_id 是 String 镜像id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/images/{image_id}/tags/batch-delete 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目
在“资产市场”中查找“genomeagent”镜像。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。
String 镜像创建时间 update_time String 镜像更新时间 source_project_name String 源项目名称 source_project_id String 源项目id source_resource_id String 源资源id 请求示例
最小长度:1 最大长度:128 image_id 是 String 镜像id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
最小长度:1 最大长度:128 image_id 是 String 镜像id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅镜像 步骤2:创建Notebook 步骤3:预览AutoGenome案例 步骤4:使用AutoGenome 步骤1:订阅镜像 使用AutoGenome镜像前,需要您在资产市场中订阅该镜像。
父主题: genomeagent镜像
最小长度:1 最大长度:128 image_id 是 String 镜像id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
制作镜像。 docker build -t centos:v01 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考、《容器镜像服务 编写高效的Dockerfile》。 父主题: 镜像
并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 容器镜像服务支持使用容器引擎1.11.2及以上版本上传镜像。 父主题: 镜像管理
将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。
先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。 # 基础镜像 docker pull swr.
父主题: 镜像管理
详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。 镜像启动命令支持多行输入,每行最多256字符,最多支持300行。