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--recursive -r 否 按指定的对象名前缀批量删除,批量删除时必选。 --jobs -j 否 批量删除对象时,批量任务的最大并发数,默认为5。取值范围[1,10]。 --fr -R 否 删除单个对象时生成结果清单文件。 --versionId -V 否 待删除对象的版本号。 --o -o
/opt RUN yum makecache && \ yum install -y make gcc ncurses-devel bzip2-devel xz-devel zlib-devel&& \ cd /usr/local/bwa-0.7.17 && make &&
'summary' # 流程简述 取值范围[0,128] description: 'description' # 流程描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本
"parent_id": "65382450e8f64ac0870cd180d14e684b", "name": "cn-north-4", "description": "", "links": { "next": null, "previous": null, "self":
输出数据。 图8 查看作业信息 单击输出路径,可跳转至输出文件位置。html文件支持在线预览,zip文件可下载至本地查看。 图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题: 运行作业
5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 - labelA - labelB description: description # 作业描述,取值范围:输入字符最大长度为255 tool_id
notebook名称。 取值范围[1,63],仅支持小写字母、数字、中划线(-),开始只能是小写字母,结束只能是小写字母或数字。 --description -d 否 描述。长度范围为[0,1024]。 --image -i 是 notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式
0:srcproject。 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。 --summary -s 否 流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir -o 否 输出路径。不指定时,以当前项目的根目录为工作路径。 --timeout
t为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。 --yaml和--workflow命令不能同时存在。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --input -i 否 输入参数名称,该参数与流程中的输入参数对应,通过修改--input,修改输入数据。
'summary' # 流程简述 取值范围[0,128] description: 'description' # 流程描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本
tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker tag <source-image-name:source-tag-name>
单击页面右上角“复制”。 图1 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。 例如,将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
"archive_days": 20, "size": 14144732346, "description": "", "operator_name": "ei_eihealth_02", "storage_type":
0:projectname。 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。 --summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image
Code下拉框中有四个选项: Code:写Python代码 MarkDown:写MarkDown代码,通常用于注释 Raw NBConvert:转换工具 Heading:快捷添加MarkDown标题 4 代码Cell 代码单元格。每一个Cell有两种模式:命令模式和编辑模式。 最左侧为
ligand-smiles-to-3dsdf 将配体的smiles结构式转换为sdf文件。 ligand-3dsdf-to-pdbqt 将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 receptor-pdb-to-pdbqt 将pdb文件转换为pdbqt文件。 qvina-w 执行分子对接操作(此处为blind
to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。
记录,并进行归档恢复、删除操作。归档恢复时,您可以将数据恢复至本项目或有权限的其他项目。 图2 归档数据 执行归档操作时,归档的对象,其最深目录下的对象路径长度不能超过987,否则会归档失败。例如,选择项目中的 a/目录进行归档,a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./
该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对等步骤,输出针对fastq的qc报告,输出STAR比对得到的bam文件。 MetaGenome Kraken2 pipeline 宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome,或元基因组)是由