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系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的流程状态。当流程发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的流程。 已发布的流程不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的流程可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的流程可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的流程。若版本不同,则
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页
路径在新建流程和运行分析作业时可指定。 新建流程 单击“新建流程”,进入流程设计器页面。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具,详细介绍请参见流程设计器。新建流程时,自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息,填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数,
本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --name -n 是 流程名称。 --description -d 否 workflow的详细描述信息。 --labels -l 否 流程标签列表。以","分隔,如:"a,b"。 --main_file -m 否 流程主文件名,默认为:main.nf。 --params
流程统计管理 获取性能加速资源上统计信息 统计应用、流程、作业数目 统计全局流程、作业信息 父主题: 应用管理
查询流程详情 功能描述 查询指定workflow详情。 命令结构 health nextflow get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 流程ID,指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时,获取的是流程列表。
导入流程 功能介绍 导入流程 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/import 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
Nextflow流程管理 创建流程 获取流程列表 获取流程详情 更新流程 删除流程 父主题: Nextflow接口
统计全局流程、作业信息 功能介绍 统计全局流程、作业信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/workflow-statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
参数类型 描述 id String 流程id name String 流程名称 version String 流程版本 summary String 流程简述 description String 流程描述 labels Array of strings 流程标签 timeout Integer
String 流程id name String 流程名称 description String 流程描述 labels Array of strings 流程标签 workflow_file String 流程的文件名 workflow_file_url String 流程的文件名下载地址
本示例中NGS流程基于医疗智能体(EIHealth)平台搭建,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤,涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户
WorkflowListDto objects 所查询类型的流程总数 count Integer 当前页的流程列表 表5 WorkflowListDto 参数 参数类型 描述 id String 流程id name String 流程名称 version String 流程版本 summary String
导入流程 导入流程是将隶属于其他项目中流程导入至本项目中,流程所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程,选择流程的
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
Nexflow流程管理命令 创建流程 修改流程 查询流程详情 删除流程
统计应用、流程、作业数目 功能介绍 统计应用、流程、作业数目 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/statistics 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
NextflowWorkflowListDto objects 当前页的流程列表 count Integer 所查询类型的流程总数 表5 NextflowWorkflowListDto 参数 参数类型 描述 id String 流程id name String 流程名称 description String 描述信息
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流