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Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题： 用户指南（基因平台）
的访问、共享和协作。 预置流程：预置流程包括NGS、GATK、Cell Ranger和Druglikeness。 项目间资产共享：实现跨项目数据、应用、流程的使用。 开发环境：预置基因组自动建模工具AutoGenome，提供多种AI引擎切换。 应用、流程支持X86、ARM运行。 消息中心：支持异步任务提示。
1-3072]，单位G，支持一位小数。对于应用，不填默认1G；对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 gpu_type String gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
和discvrseq-variantqc应用构成。在创建应用前，请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0
1-3072]，单位G，支持一位小数。对于应用，不填默认1G；对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 gpu_type 否 String gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默认使用前一级的配
Nextflow接口 Nextflow引擎生命周期管理 Nextflow作业管理 Nextflow任务管理 Nextflow流程管理 父主题： API（医疗智能体平台）
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步 删除分段上传任务
作业运行于指定的计算节点中。对于“不可调度”状态的计算节点，将无法在此节点运行作业。 通过“新建流程”时创建 在“工具”页面，单击“新建流程”，填写流程信息。请参考新建流程操作。 流程搭建完成后，单击“新建作业”。 图1 新建作业 在新建作业弹窗中单击“确定”。 图2 新建作业
表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选
Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建成Docker镜像。 建议设置Docker镜像开机启动，防止出现“docker:
ow/jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。 最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
tool_id 是 String 作业依赖的组件id，组件当前仅支持流程，取值范围[1,135]，支持大小写字母和数字。目前支持两种格式，特殊id：{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称}；正常id：流程id 最小长度：1 最大长度：135 tool_type 是 String
Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建成Docker镜像。 快照方式制作镜像 如果后续镜像没有变化，可通过快照方式制作镜像。 快照方式制作镜像示例： 本示例中使用华为云弹性云服务器服务（ECS）创建一台云服务器，并使用快照方式制作bwa镜像。
Management，简称IAM）是华为云提供权限管理的基础服务，可以帮助您安全地控制华为云服务和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务（OBS） 对象存储服务（Object Storage Service，简称OBS）是一个基于对象的海量存储服务，为客户提供海
failed_reason String 作业运行失败原因，当作业执行失败时会返回 workflow_name String 流程名称 workflow_id String 流程id command_line String nextflow执行命令 params Array of NextflowParamsDto
搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS，并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时，可以选择ECS的操作系统。例如，ECS如
引用项目数据 订阅资产市场数据 上传数据文件 批量删除项目数据 获取桶列表 查询项目级数据权限控制策略 设置项目级权限控制策略 获取数据详情 设置数据对象策略 发布数据资产 父主题： 数据管理
tool_id 是 String 作业依赖的组件id，组件当前仅支持流程，取值范围[1,135]，支持大小写字母和数字。目前支持两种格式，特殊id：{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称}；正常id：流程id 最小长度：1 最大长度：135 tool_type 是 String
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