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数据文件列名:选择数据库列名,仅解析前100个列名,支持选择12个列名保存到数据库。 组织共享: 如果关闭,则该数据库只能自己使用。 如果开启组织共享,则其他子用户也可以使用您的数据库进行分子搜索。 默认为关闭。 数据库列表展示数据库的名称、分子数量、创建时间、状态等信息。对于已
PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
获取数据库实例 使用get命令获取数据库实例列表、详情或者查询数据库数据。 命令结构 health get database instance <instance-id> [flags] 或者 health get db instance <instance-id> [flags]
号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的数据。引用的数据不能在该项目中进行更改。只能用来运行作业,导入数据到数据库等操作。 图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息,该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
500000 Name Retain Number completed-jobs 6000000 父主题: 系统设置命令
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。
PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。
PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持FASTA,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1
创建notebook 使用create命令创建notebook。 命令结构 health create notebook <notebook-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-name 无 是 notebook名称。 取值范围[1
PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6
RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6
在平台左上角选择项目名称,单击,进入项目设置页面。 图2 查看项目信息 项目设置 在项目设置页面,可以查看项目名称,该项目的数据存储OBS桶名称。所有者可以修改项目描述,转移项目,删除项目。管理员可以修改项目描述,退出项目。操作员可以退出项目。 删除项目后数据、作业会同步删除,删除项目不可逆,请谨慎操作。
请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源,如删除对象等。 HEAD 请求服务器资源头部。 PATCH 请求服务器更新资源的部分内容。当资源不存在的时候,PATCH可能会去创建一个新的资源。
获取归档数据 使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否
方式3:自定义镜像运行FastQC流程 应用是运行作业的最小单位,每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像,并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不
PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CIF,仅数据源为RAW时提供。
zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据中心”页面下载数据至本地。 在“数据中心”页面,下载数据至本地。 选择待下载的数据,单击“操作”列“下载”即可。