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创建模型 功能介绍 创建模型。 URI POST /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
获取数据库实例 使用get命令获取数据库实例列表、详情或者查询数据库数据。 命令结构 health get database instance <instance-id> [flags] 或者 health get db instance <instance-id> [flags]
数据库追加文件 功能介绍 数据库追加文件。 URI PUT /v1/{project_id}/drug/databases/{database_id}/data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息,该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类,实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片,进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件,文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体,默认只处理第一个。 靶点预处理: 去配体:提交任务时系统会自动删除配体。
使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像,利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索,训练,评估,预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅镜像 步骤2:创建Notebook
使用genomeagent镜像 智能体AI Agent,被设计为具有独立思考和行动能力的AI程序,只需提供一个研究目标和数据路径,即可自适应生成一个任务序列执行分析任务。 生信智能体AI Agent可以应对激增的多组学数据分析需求、高成本的生物信息学培训和满足不同应用场景的个性化
创建notebook 使用create命令创建notebook。 命令结构 health create notebook <notebook-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 notebook-name 无 是 notebook名称。 取值范围[1
D5值校验通过后,会将该值设置为对象元数据x-obs-md5chksum,用于下载或上传时校验MD5。 --threshold -t 否 开启分段上传任务的阈值,单位:字节,默认为配置文件中的defaultBigfileThreshold。 如果待上传的文件小于该阈值,则使用直接
查询靶点口袋分子设计作业详情 功能介绍 查询靶点口袋分子设计作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design/{job_id} 表1
查询分子属性预测作业详情 功能介绍 查询分子属性预测作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/admet/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
获取模型列表 功能介绍 获取模型列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug-models 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数
查询分子搜索作业详情 功能介绍 查询分子搜索作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
获取归档数据 使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否
方式3:自定义镜像运行FastQC流程 应用是运行作业的最小单位,每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像,并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不
查询分子生成作业详情 功能介绍 查询分子生成作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
查询分子优化作业详情 功能介绍 查询分子优化作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/optimization/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选