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数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务
管理作业 在“作业中心”页签,您可以查看已创建的作业。在操作列,您可以对已创建的作业执行克隆、删除操作。支持对等待中的作业进行取消操作,取消后作业不计费,运行中的作业不能取消。 删除单个作业 选择需要删除的作业,单击“操作”列“删除”即可。 图1 删除单个作业 批量删除作业 一次选中多个作业
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式
单分子预对接 功能介绍 单分子预对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建靶点优化作业 功能介绍 创建靶点优化作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
创建分子对接作业 功能介绍 创建分子对接作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
查询分子对接作业详情 功能介绍 查询分子对接作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
生成相互作用2D图 功能介绍 生成相互作用2D图,若不提供配体文件,则受体文件中必须包含配体;若提供配体文件,则受体中的配体(若有)则会被忽略。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
作业执行失败排查思路 作业执行失败,有如下场景: 场景1:作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败。 场景2:作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 场景3:作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。
邮箱设置 设置消息发送邮箱 通过设置邮箱,发送平台的通知。设置邮箱功能只有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:
分子生成 分子生成基于盘古药物分子大模型,对初始数据集进行采样,多目标、多方向的快速生成新颖且与靶点蛋白亲和力高的化合物。 单击“分子生成”功能卡片,进入配置页面。 输入初始数据集,有两种输入方式: 选择文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件;小分子支持10-10000
创建CPI作业 功能介绍 创建CPI作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
创建自由能微扰作业 功能介绍 创建自由能微扰作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common
查询CPI作业详情 功能介绍 查询CPI作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
创建靶点口袋分子设计作业 功能介绍 创建靶点口袋分子设计作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design 表1 路径参数 参数 是否必选
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题:
将镜像中的genomeagent_examples/case1示例文件拷贝到本开发环境所在项目的OBS桶中,见example.ipynb教程代码框。