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否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 如果同时使用yaml模板和参数命令对描述、标签等参数进行了修改,最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数,如果命令中包含了特殊字符,需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号,需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令,例如:
查询靶点口袋发现作业详情 功能介绍 查询靶点口袋发现作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection/{job_id} 表1 路径参数
zip?AccessKeyId=VQ52M3Q7I4WPWPDUB5XZ\u0026Expires=1678139581\u0026Signature=XmQTSYDCq2Xl2pVDVE4S%2BoMBH3M%3D" } health nextflow get workflow {
对于执行失败的作业,鼠标点击作业状态,在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。 作业相关信息 在详情页可以查看作业执行命令、配置参数、流程配置文件、执行日志、报告信息。 图1 作业相关信息 Tasks相关信息 在详情页可以查看每个Tasks的相关信息。单击每个task可以打
struct StructureConstraintParams object 结构约束参数 quantiles Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0 最大值:1.0 表9 StructureConstraintParams
struct StructureConstraintParams object 结构约束参数 quantiles Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0 最大值:1.0 表8 StructureConstraintParams
ebook来释放资源,也可以进入系统资源页面购买新节点。 0/4 nodes are available: XXX node(s) didn't match node selector。该场景表示当前集群中无计算资源满足标签要求,用户可以进入系统资源页面,选择节点,通过标签管理给节点添加标签。
# 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name: # 引用的外部并行系统名称 │ ├─path1 # 引用的外部并行系统的源路径 导入网络数据 Windows: health import data https://eihealt
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法,高效遍历柔性蛋白表面,找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探
资产状态 failed_reason String 资产发布失败原因 labels Array of strings 资产标签列表 picture String 资产封面图访问链接 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 请求示例
传受体文件,进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式,若文件中存在多个受体,默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件,最多支持输入20个受体文件,文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。 去水:去掉受体蛋白里面的水分子。
048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID,最多输入100个PDB ID,用逗号或换行方式隔开;不区分大小写;如果输入多聚体靶点,仅解析第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。
节点存储:建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置:输入管理员密码,公网访问选择“自动绑定”,单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步:高级配置”,在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。 图6 高级配置 确认配置,无误后单击“立即创建”,即可完成购买。
用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式为SourceProjectName/ImageName:TagName)。 若选择PY3,则代表使用系统镜像创建notebook;若选择SourceProjectName/ImageName:TagName,则代表使用自定义镜像创建notebook。
或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子:可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。
流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。
在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。