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IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 本节指导用户安装和使用IB驱动自带的OpenMPI(以版本3.0.0rc6为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令,切换为root
裸金属服务器场景典型应用 创建裸金属服务器集群 配置BMS集群互相免密登录 安装和使用MPI(X86 BMS场景) 安装和使用MPI(鲲鹏BMS场景) 在HPC集群上运行MPI应用(X86 BMS场景) 在HPC集群上运行MPI应用(鲲鹏BMS场景)
弹性云服务器场景典型应用 创建支持IB网卡的弹性云服务器 配置单个ECS免密登录 安装和使用MPI 制作私有镜像 创建应用集群 配置ECS集群互相免密登录 在HPC集群上运行MPI应用
该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行社区MPI应用(3.1.1版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。
弹性云服务器场景最佳实践 HPC断点续算计算方案 基于STAR-CCM+部署HPC集群
3eval_170901-rh7_Apr11.x86_64.rpm 下载需要的HPC-X工具套件。 IBM MPI在EDR SR-IOV场景下的运行需要HPC-X提供的MXM库的支持,HPC-X 的下载需要参考弹性云服务器操作系统的版本以及IB驱动版本,例如,下载的HPC-X版本为:hpcx-v2.0.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4
权限配置成功。 依次登录集群中其他BMS,重复执行步骤1~5。 执行以下命令,验证参加测试的BMS之间是否可以免密码互相登录。 $ ssh 用户名@SERVER_IP 父主题: 裸金属服务器场景典型应用
本节指导用户在鲲鹏BMS集群上安装和使用MPICH应用(以版本mpich-3.3.2为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 安装MPICH。 下载MPICH。 下载地址:https://aur.archlinux.org/packages/mpich/
执行以下命令,查看BMS的主机名。 $ hostname 图2 查看BMS的主机名 依次登录集群中所有BMS,重复执行1.b~2.b,获取所有BMS的主机名。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如:
1.1版本的OpenMPI为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装HPC-X工具套件。 下载需要的HPC-X工具套件以及OpenMPI。 使用社区OpenMPI时,需要同时使用Mellanox的HPC-X 套件,HPC-X 的下载需要参考弹性云服务器操作系统
MPI 操作场景 本节指导用户在ECS上安装和使用Platform MPI应用(以版本platform_mpi-09.01.04.03r-ce为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装Platform MPI。 执行以下命令,安装需要的库文件。 # yum install
M+指定的物理核数。 ip1,ip2:运行STAR-CCM+指定的主机信息。 core_num1,core_num2:指定每个主机运行的物理核数。 hiroce gids:查下设备名和index。 UCX_NET_DEVICES: hiroce gids查到的有ip一行的ib_dev的值,:后面的值为port的id。
此时,pbs作业回到queued状态,等待可用的计算资源。 开机2中关闭的计算节点,提供可用的计算资源。 此时,pbs作业会继续进行。 作业执行完成后,执行以下命令,查看作业信息。 qstat -f 作业ID 如图5所示,作业运行了3分03秒。由此可以看出,作业是从断点的位置进行续算的。 图5 中断后运行作业信息
/etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168.1.138 bms-arm-ib-0001 192.168.1.45 bms-arm-ib-0002 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。 $vi hostfile 添加集群中所有BMS的主机名,以及对应的核数(假设为2核),例如:
1/bin:$PATH” >> /root/.bashrc 验证MPI运行在RoCE网络上 执行以下命令,安装iproute2。 yum -y install iproute* 执行以下命令,查看RoCE上是否有流量。 rdma res show 若MPI运行中,回显结果中qp 数量较大(大于1),则证明运行在
安装和使用IB驱动自带的Open MPI 操作场景 本节操作指导用户在BMS上安装和使用IB驱动自带的Open MPI(以版本4.0.2a1为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 查询是否安装了IB驱动 执行以下命令,查询是否已成功安装IB驱动。
安装和使用IB驱动自带的Open MPI 操作场景 本节指导用户在BMS上安装和使用IB驱动自带的Open MPI(以版本3.1.0rc2为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 查询是否安装了IB驱动。 执行以下命令,查询是否已成功安装IB驱动。
安装和使用MPI 弹性云服务器场景支持使用的MPI IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
environment. MPI_Finalize(); } $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。
执行以下命令,查看BMS的主机名。 $ hostname 图2 查看BMS的主机名 依次登录集群中所有BMS,重复执行1.b~2.b,获取所有BMS的主机名。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: